| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1292484 = | 149 (0.730) | 13 (0.080) | 6/128 | NT | 9.3% | intergenic (+38/‑348) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1292539 = | 134 (0.820) | intergenic (+93/‑293) | infB/rbfA | Translation initiation factor IF‑2/Ribosome‑binding factor A | |||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
AAAGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAGCTTTTGGTTTTTTATTAGAATAGATT > USA300TCH1516_ALE/1292396‑1292574 | aaaGAAGGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATA < 1:1950326‑M1/91‑1 (MQ=255) aagaagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATAT > 2:810919‑M1/1‑91 (MQ=255) gccaggcgATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATG > 1:3634276‑M1/4‑91 (MQ=255) cacaaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATg < 1:3886247‑M1/5‑1 (MQ=255) gaagGCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGC > 1:313720‑M1/1‑91 (MQ=255) caaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCt > 1:3529867‑M1/85‑91 (MQ=255) caaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCt > 2:958633‑M1/85‑91 (MQ=255) caaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCt > 2:2444063‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTc < 2:1058786‑M1/8‑1 (MQ=255) ggCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCC > 1:1188329‑M1/1‑91 (MQ=255) ggCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAACTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTAGAGTTAAGATTGATATGCTCC > 2:1749558‑M1/1‑91 (MQ=255) aaatttaatacaaaatcatgtccatagaacgaaactttaaatagataatatattataataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATgctac > 2:3157919‑M1/83‑89 (MQ=255) gCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAGGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCC < 2:3221573‑M1/91‑1 (MQ=255) gCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCC < 2:3762658‑M1/91‑1 (MQ=255) gCGATGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCC > 1:2359442‑M1/1‑91 (MQ=255) aattttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTccc > 2:502131‑M1/82‑91 (MQ=255) attttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCt < 1:622207‑M1/11‑1 (MQ=255) ttttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCta < 2:3888633‑M1/12‑1 (MQ=255) ttttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctagtctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCta < 2:3484583‑M1/12‑1 (MQ=255) aTGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTAT > 1:2742088‑M1/1‑91 (MQ=255) aTGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTAT < 2:720018‑M1/91‑1 (MQ=255) ttatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCtata > 1:1524582‑M1/78‑91 (MQ=255) tGTTATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATA < 1:110202‑M1/91‑1 (MQ=255) tatacaaaatcatgtccatataacgtaacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATaa > 1:2064925‑M1/77‑91 (MQ=255) ttATCGAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAA < 1:2117355‑M1/91‑1 (MQ=255) gAAGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTg > 2:1981552/1‑91 (MQ=255) aaGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGc < 1:1319787/91‑1 (MQ=255) aGCATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGGTAAAAGTATAGTTAGGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCa < 2:3049795/91‑1 (MQ=255) cATTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACt > 2:2657047/1‑91 (MQ=255) aTTTTAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACtt < 2:1713990/91‑1 (MQ=255) aTTTGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACtt > 1:2152795/1‑91 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt > 1:2672829/1‑91 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt > 2:2155346/1‑91 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt > 2:882628/1‑91 (MQ=255) tttGAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACttt < 2:1325687/91‑1 (MQ=255) gAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTa > 1:2436328/1‑91 (MQ=255) gAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTa > 1:441564/1‑91 (MQ=255) gAAATGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTa < 2:3308556/91‑1 (MQ=255) aaaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTaa > 2:3960589/1‑91 (MQ=255) aaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAg < 1:365640/91‑1 (MQ=255) aaTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAg > 1:2824054/1‑91 (MQ=255) aTGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgt > 2:688784/1‑91 (MQ=255) tGGTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtg < 2:3809384/91‑1 (MQ=255) ggTTGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAgtgt < 2:3871345/91‑1 (MQ=255) ttGAAATTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCt > 1:2183096/1‑91 (MQ=255) taacttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:1012720‑M1/52‑91 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatat < 1:3877029‑M1/91‑25 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 2:2760248‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 1:1535086‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACt > 2:1116592‑M2/1‑90 (MQ=255) aacttttgataggtaatctattctaataaaaaaccaaacgctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:1964153‑M1/51‑91 (MQ=255) aaTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtt > 1:1053669‑M2/1‑89 (MQ=255) acttttaataggtaatctattctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACttt > 2:3067657‑M1/50‑91 (MQ=255) aTTAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatattt < 1:558845‑M1/91‑27 (MQ=255) tAAGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttat < 2:1628946‑M1/91‑29 (MQ=255) aaGCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttata < 1:3462456‑M1/91‑30 (MQ=255) taataggtaatataatctaataaaaaaccaaaagctagtatcaaATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAgg > 2:1898254‑M1/45‑91 (MQ=255) gCGTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAAgtagacacttaaaaagtgcaatatttatagg < 1:1118496‑M1/91‑32 (MQ=255) gTTAATTAAATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttataggga < 1:1677289‑M2/91‑11 (MQ=255) taattaaATAAATTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACtttatagggagc > 2:1357090‑M2/1‑79 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:160700/1‑91 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:306878/1‑91 (MQ=255) aaataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAtt > 1:1580089/1‑91 (MQ=255) aataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATAttt < 1:3736988/91‑1 (MQ=255) ataaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTg > 1:172432/1‑91 (MQ=255) taaatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGa > 2:2257641/1‑91 (MQ=255) aatTACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATa > 1:691721/1‑91 (MQ=255) ttACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCATATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACt > 1:3327500/1‑91 (MQ=255) tACAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTa > 1:451935/1‑91 (MQ=255) aCAAGCTAAAAGTATAGTTAAGATTGATATGCTCCCTATAAATATTGCACTTTTTAAGTGTCTACTTTATAGGGAGCATATTTGATACTAg > 2:1480418/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |