| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1336112 | 140 (0.690) | 13 (0.070) | 8/138 | NT | 8.5% | intergenic (+17/‑226) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1336130 | 160 (0.910) | intergenic (+35/‑208) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR | |||||
GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1336012‑1336112‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatttcacccAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATTT < USA300TCH1516_ALE/1336130‑1336043 GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTA < 2:1570081/91‑1GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTA > 1:1248226/1‑91GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACCTAAATAATAGATTA > 1:1804553/1‑91 TTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAA > 2:1125561/1‑91 TTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAACCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAA > 2:1126052/1‑91 TCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAA > 2:2887110/1‑91 CAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAAT > 1:1343699/1‑91 CAAGGAGGACTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATACATTAAAT > 1:1972312/1‑91 AAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATT > 2:1466770/1‑91 AGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTT > 2:2006208/1‑91 AGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTT > 1:945704/1‑91 AGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTT > 1:951454/1‑91 AGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTT > 1:2792631/1‑91 AGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTT > 1:2792340/1‑91 GGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTC > 1:1544112/1‑91 GAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCA < 2:2227591/91‑1 AGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCAC < 2:2309752/91‑1 GGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACC > 1:662883/1‑91 GGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACC > 2:1510303/1‑91 GGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACC > 1:2226913/1‑91 GGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACC > 2:1510078/1‑91 GATTAACATATGCACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 1:3034715/1‑91 GATTAACATATGCACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 1:3034652/1‑91 GATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 2:1356239/1‑91 GATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 1:198413/1‑91 GATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 2:2488218/1‑91 GATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 1:2582946/1‑91 TTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTA < 2:1026479/91‑1 TTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTA < 1:1346834/91‑1 TAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAG < 1:3585216/91‑1 AAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGG < 1:1926386/91‑1 AATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGT < 2:1563968/91‑1 ATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTG < 1:2201353/91‑1 ATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTG < 1:3882334/91‑1 ATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTG < 1:1437839/91‑1 TTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGA < 1:2807564/91‑1 TTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGA < 1:2891865/91‑1 TTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGA < 1:1177291/91‑1 CTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAAT < 2:3494210/91‑1 AGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCT > 1:2820460/1‑91 AAATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCAC > 1:1199658/1‑91 AATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACA < 1:2516883/91‑1 AATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACA < 2:3528161/91‑1 ATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAG > 1:1006966/1‑91 ATTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAG < 1:2153858/91‑1 TTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGC < 1:3622027/91‑1 TTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGC < 2:3259963/91‑1 TTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGC > 1:2843885/1‑91 TTTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGC < 1:1455355/91‑1 TTCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCA > 2:3951121/1‑91 TCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAA > 2:429593/1‑91 TCACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAA > 2:753190/1‑91 CACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAAT < 1:375347/91‑1 CACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAAT < 1:373573/91‑1 ACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATT < 1:2978580/91‑1 ACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATT > 1:2395064/1‑91 ACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATT > 1:2395049/1‑91 ACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATT > 1:2395032/1‑91 ACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATT < 2:872786/91‑1 ACCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTAGTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATGAACAGCTCTTGTCACAGCAATT < 2:2745142/91‑1 CCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATTT > 2:2370217/1‑91 CCCAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATTT < 2:475036/91‑1 GTTCAAGGAGGATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1336012‑1336112‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaatttcacccAAAACACATTATCATTTAGGGTGAAATTTAATCTATTATATAAGTCCTTGTTCTTTCAACTGATTAACAGCTCTTGTCACAGCAATTT < USA300TCH1516_ALE/1336130‑1336043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |