| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1336112 | 140 (0.690) | 13 (0.070) | 8/138 | NT | 8.5% | intergenic (+17/‑226) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1336130 | 160 (0.910) | intergenic (+35/‑208) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGT > USA300TCH1516_ALE/1336022‑1336201 | gaTTAACATATGCACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 1:3034715‑M1/1‑91 (MQ=255)gaTTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 1:198413‑M1/1‑91 (MQ=255)gaTTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCC > 2:2488218‑M1/1‑91 (MQ=255) aTTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCt < 2:1666793/91‑1 (MQ=255) ttAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTa > 2:306991/1‑91 (MQ=255) tAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTaa > 2:3605935/1‑91 (MQ=255) tAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTaa > 2:1987483/1‑91 (MQ=255) tAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTaa > 2:1270837/1‑91 (MQ=255) aaCATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTaaa > 1:1169631/1‑91 (MQ=255) aCATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAAt > 2:1888543/1‑91 (MQ=255) cATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATg > 1:322112/1‑91 (MQ=255) atatGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGa > 2:789946/1‑91 (MQ=255) tatGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGAt < 2:2814873/91‑1 (MQ=255) tatGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGAt > 2:379728/1‑91 (MQ=255) gatGAGCACGTTAAAATTGCTGTGTCAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGTAGTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTATATGAt < 2:177422/90‑1 (MQ=255) aaCACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAAtg < 2:342713/91‑1 (MQ=255) aaCACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAAtg < 1:1186125/91‑1 (MQ=255) cacGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAAtgtg > 1:497604/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCaaaacacattatcattta < 2:1026479‑M1/91‑19 (MQ=255) ttAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCaaaacacattatcattta < 1:1346834‑M1/91‑19 (MQ=255) tAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCaaaacacattatcatttag < 1:3585216‑M1/91‑20 (MQ=255) aaaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTggg > 2:2370217‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTggg < 2:475036‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggt < 1:2978580‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggt > 1:2395032‑M2/1‑87 (MQ=255) aTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCaaaacacattatcatttagggtg < 1:3882334‑M1/91‑24 (MQ=255) aTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCaaaacacattatcatttagggtg < 1:1437839‑M1/91‑24 (MQ=255) ttGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCaaaacacattatcatttagggtga < 1:2891865‑M1/91‑25 (MQ=255) ttGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggtga > 2:429593‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggtga > 2:753190‑M2/1‑85 (MQ=255) 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gagCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCgg < 1:1370349/91‑1 (MQ=255) agCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGga > 1:1750265/1‑91 (MQ=255) agCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGga > 1:1086890/1‑91 (MQ=255) agCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGga > 1:1869084/1‑91 (MQ=255) agCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGga > 1:2819055/1‑91 (MQ=255) gCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGgag > 1:2773359/1‑91 (MQ=255) tGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGTGAt > 2:3516278/1‑91 (MQ=255) tGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGAt > 2:2191516/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGAtt > 1:3105698/1‑91 (MQ=255) aTCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATc < 2:2047186/91‑1 (MQ=255) cAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAg < 2:1218414/91‑1 (MQ=255) aGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGa > 1:2269821/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatt > 2:181161/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatt > 2:1694940/1‑91 (MQ=255) ttGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGatt < 2:1088155/91‑1 (MQ=255) ttGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTACGGAGATTTATCAGatt > 1:3389680/1‑91 (MQ=255) 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aCAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaa < 1:612188/91‑1 (MQ=255) cAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaa > 1:2620422/1‑91 (MQ=255) aGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggtgaaatttaatctattatataagtccttgttctttcaact > 1:2820460‑M2/1‑48 (MQ=255) aGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaaaa > 2:3751813/1‑91 (MQ=255) aGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTaaaaa > 1:343072/1‑91 (MQ=255) ggACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAAt > 2:1514041/1‑91 (MQ=255) aCTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTg < 1:177967/91‑1 (MQ=255) aCTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTg > 2:2616045/1‑91 (MQ=255) 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aataGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAata > 2:1634040/1‑91 (MQ=255) ataGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTACCAGATTATTTTTATAAATCGAAAAAatat > 2:2365529/1‑91 (MQ=255) taGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATAtt > 2:1128770/1‑91 (MQ=255) aGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATAttt < 2:2981033/91‑1 (MQ=255) gATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATAtttt > 1:557776/1‑91 (MQ=255) aTTTCACCCaaaacacattatcatttagggtgaaatttaatctattatataagtccttgttctttcaactgattaacagctcttgtcacag > 1:1006966‑M1/1‑9 (MQ=255) aTTTCACCCaaaacacattatcatttagggtgaaatttaatctattatataagtccttgttctttcaactgattaacagctcttgtcacag < 1:2153858‑M1/91‑83 (MQ=255) aTTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATCG‑AAAAATATTTTAGCTGTa > 1:2925497/1‑91 (MQ=255) 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aCCCaaaacacattatcatttagggtgaaatttaatctattatataagtccttgttctttcaactgattaacagctcttgtcacagcaatt > 1:2395064‑M1/1‑4 (MQ=255) aCCCaaaacacattatcatttagggtgaaatttaatctagtatataagtccttgttctttcaactgatgaacagctcttgtcacagcaatt < 2:2745142‑M1/91‑88 (MQ=255) aCCCTAAATGATAATGTGTTTTgggtgaaatttaatctattatataagtccttgttctttcaactgattaacagctcttgtcacagcaatt < 2:1563968‑M2/91‑70 (MQ=255) aCCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCTGTAGAtt < 1:3257565/91‑1 (MQ=255) cccTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCTTATATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCTGTAGATTg > 2:3486338/1‑91 (MQ=255) cccTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCTGTAGATTg > 1:1975475/1‑91 (MQ=255) | GATTAACATATGAACACGTTAAAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGT > USA300TCH1516_ALE/1336022‑1336201 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |