New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1336112 | 140 (0.690) | 13 (0.070) | 8/138 | NT | 8.5% | intergenic (+17/‑226) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1336130 | 160 (0.910) | intergenic (+35/‑208) | mgl/glnR | L‑methionine gamma‑lyase/HTH‑type transcriptional regulator GlnR |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
AAATTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTGGGTGAAATTTTTTGCGGAGATTTATCAGATTATTTTTAAAAATTGAAAAAATATTTTAGCTGTAGATTGTTTTATGTCGTTTTAGAAGT > USA300TCH1516_ALE/1336043‑1336220 | aaaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTggg > 2:2370217‑M2/1‑88 (MQ=255) aaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTCATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATACTAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggt < 2:2745142‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggt < 1:2978580‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggt > 1:2395049‑M2/1‑87 (MQ=255) aTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggtg < 1:373573‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTGCTGTGACAAGAGCTGTTAATCAGTTGAAAGAACAAGGACTTATATAATAGATTAAATTTCACCCTAAATGATAATGTGTTTTgggtg < 1:375347‑M2/91‑6 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |