| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1353894 = | 179 (0.880) | 9 (0.050) | 5/134 | NT | 5.6% | intergenic (+87/+56) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1353946 = | 154 (0.900) | intergenic (+139/+4) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1353996‑1353894‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > USA300TCH1516_ALE/1353946‑1354035 CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGT < 1:1699135/91‑1CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGT < 1:1699195/91‑1 TTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTT < 2:3304875/91‑1 TTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTT > 1:2596454/1‑91 TTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTT < 1:2064542/91‑1 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCCCTATGGTTAT > 1:1563100/1‑91 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT > 1:1285864/1‑91 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT > 2:3658908/1‑91 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT > 1:1562973/1‑91 TAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTAT < 1:1764861/91‑1 AAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATT > 2:1703742/1‑91 AAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATT < 1:323122/91‑1 AAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATT < 2:1613310/91‑1 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA > 2:718427/1‑91 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA < 1:1534139/91‑1 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA > 2:2211387/1‑91 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA > 2:2211388/1‑91 AATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTA < 1:3675775/91‑1 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT < 2:2078251/91‑1 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT < 2:3750802/91‑1 ATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAAACCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTAT > 1:3371400/1‑91 TAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATG < 2:3620088/91‑1 AAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGC > 2:2926207/1‑91 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AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT > 1:3941093/1‑91 AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT > 2:1221642/1‑91 AGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCCCGATACGCACTATGGTTATTATGCCT > 2:261535/1‑91 GAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTT < 2:2005330/91‑1 GAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTT > 2:875011/1‑91 GAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTT < 1:2248913/91‑1 GAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTT > 1:867771/1‑91 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTg < 2:177262/91‑2 AACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT < 1:3086988/91‑1 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CTTTAAATAAAGAACAGGTTGATCAAATCACAGCTATATTCAAGTAAAATCAAAGGCATAATAATCCATTACGCTCGATACGCACTATGGTTATTATGCCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1353996‑1353894‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTC > USA300TCH1516_ALE/1353946‑1354035 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |