| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1353894 = | 179 (0.880) | 9 (0.050) | 5/134 | NT | 5.6% | intergenic (+87/+56) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1353946 = | 154 (0.900) | intergenic (+139/+4) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
ATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTT > USA300TCH1516_ALE/1353804‑1353984 | gacgtattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatca < 1:2467779‑M1/1‑1 (MQ=255) aatTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAA < 2:1128474‑M1/91‑1 (MQ=255) gtattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAg > 1:936399‑M1/88‑91 (MQ=255) atTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAG < 2:1035299‑M1/91‑1 (MQ=255) ttAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGG > 2:89180‑M1/1‑91 (MQ=255) ttAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGG < 1:3217755‑M1/91‑1 (MQ=255) tattattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAgg > 1:3822563‑M1/87‑91 (MQ=255) tAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGC < 1:3485864‑M1/91‑1 (MQ=255) attattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGc > 2:2149067‑M1/86‑91 (MQ=255) attattagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGc > 2:1812411‑M1/86‑91 (MQ=255) aaaTAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCA > 1:3724377‑M1/1‑91 (MQ=255) attagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCata > 2:2013696‑M1/83‑91 (MQ=255) aTAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATA > 1:1413532‑M1/1‑91 (MQ=255) ttagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCataa < 2:2225688‑M1/10‑1 (MQ=255) ttagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCataa > 1:1152487‑M1/82‑91 (MQ=255) tAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAA > 1:3309367‑M1/1‑91 (MQ=255) tagcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCataat > 2:2143476‑M1/81‑91 (MQ=255) aGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAAT < 2:1521725‑M1/91‑1 (MQ=255) ggggattATATATATTAAAGTAAAATATAATTGAAGCATAGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTTAATGCATAATA > 2:1860745‑M1/4‑91 (MQ=255) ggTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATA > 1:1565819‑M1/1‑91 (MQ=255) ggTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATA < 2:450609‑M1/91‑1 (MQ=255) gcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCAtaataa < 2:3872030‑M1/13‑1 (MQ=255) gcgaagccatagagctatctaaacaccctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCAtaataa < 2:562635‑M1/13‑1 (MQ=255) gTGATTATATATATTAAAGTAAAATGTACTTGAAGCATCTATTTATTATTACCGTAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 1:3669890‑M1/91‑1 (MQ=255) gTGAGTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAA < 1:3296288‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAc > 1:3908800/1‑91 (MQ=255) gATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAcc < 1:2994736/91‑1 (MQ=255) atatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTg > 1:652895/1‑91 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 2:2078655/91‑1 (MQ=255) tatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGc < 1:610074/91‑1 (MQ=255) tatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGt > 1:265850/1‑91 (MQ=255) atTAAAGTAAAGTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTa < 1:3578804/91‑1 (MQ=255) ataGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTGATGATTACCATATATTTAGATATAGAAATAATTTAAATGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 2:833208/89‑1 (MQ=255) aaaGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCg < 2:874345/91‑1 (MQ=255) aGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg > 1:2061349/1‑91 (MQ=255) aGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg > 2:3498689/1‑91 (MQ=255) aGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg > 2:1753190/1‑91 (MQ=255) gTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGc < 2:2703449/91‑1 (MQ=255) tAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCg > 1:2274155/1‑91 (MQ=255) aaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTa > 1:1267343/1‑91 (MQ=255) aaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTa < 2:3622964/91‑1 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTaa < 1:2387750/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 1:984131/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 1:1714782/91‑1 (MQ=255) aCTTGACGCATCGATTTATTACTACCATAGATTTATATATAGAAGTAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggt < 2:2209130‑M1/91‑28 (MQ=255) tttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatt > 2:2051857‑M1/51‑91 (MQ=255) tGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttat < 1:633782‑M2/91‑5 (MQ=255) gAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatt < 1:617595‑M2/91‑6 (MQ=255) aataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 1:2589428‑M1/47‑91 (MQ=255) gCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatg < 2:1159958‑M2/91‑9 (MQ=255) gatCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgc > 2:3096782‑M2/2‑82 (MQ=255) cATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgc > 1:3419139‑M2/1‑82 (MQ=255) cATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgc > 1:1964579‑M2/1‑82 (MQ=255) cATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgc > 2:3683065‑M2/1‑82 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATCAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 1:2826789‑M2/1‑80 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGGAAAGAGGTAAAGGCATAGTAACAATAGGGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 2:1972961‑M2/1‑80 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 2:3803149‑M2/1‑80 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct < 1:3074543‑M2/91‑12 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct < 2:658990‑M2/91‑12 (MQ=255) aacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCttt > 2:599148‑M1/40‑91 (MQ=255) aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg > 1:2442264/1‑91 (MQ=255) aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg < 1:532333/91‑1 (MQ=255) aTTTATTAGTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGGATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg < 2:1070869/91‑1 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 2:1392365/1‑91 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt < 1:1798660/91‑1 (MQ=255) tattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtt > 2:316806/1‑91 (MQ=255) ttattaCCATAAATTTATATTTAGAAATAATTTAAAGGCATAATAATCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtttt > 2:1911929/1‑91 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTa < 1:1481822/91‑1 (MQ=255) attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTAc < 1:2108941/91‑1 (MQ=255) attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTAc < 2:2913412/91‑1 (MQ=255) attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTAc < 1:1249275/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAATTATTTTAAAGGCATCATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 2:1420661/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 2:404060/91‑1 (MQ=255) taCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACtt > 1:1018804/1‑91 (MQ=255) aCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCAGAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTg < 1:3139075/91‑1 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGaa < 1:1110833/91‑1 (MQ=255) aTAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAat > 1:1345610/1‑91 (MQ=255) aaaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAatat > 2:132190/1‑91 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata > 1:111477/1‑91 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata > 2:2578507/1‑91 (MQ=255) gtttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:3925359/90‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATGGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:3056109/91‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:1497935/91‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg > 2:1268858/1‑91 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 1:2799671/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt > 1:745128/1‑91 (MQ=255) tatatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtg > 1:2681198/1‑91 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAACGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 2:3552112/1‑91 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGCATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 2:3256464/1‑91 (MQ=255) tataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAt > 1:1850666/1‑91 (MQ=255) tataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAt < 2:802404/91‑1 (MQ=255) ataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAtt > 1:485536/1‑91 (MQ=255) aGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTg < 2:1645545/91‑1 (MQ=255) gAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGa > 2:412892/1‑91 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc > 2:2421938/1‑91 (MQ=255) ttAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTg > 2:51228/1‑91 (MQ=255) tAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGt < 2:3380323/91‑1 (MQ=255) aaaGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaataataaatc > 2:1129421‑M1/1‑13 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCTAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 1:2560667‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGCTCAACCTGtt < 2:2525381‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATAATTAAATAGGTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTT > USA300TCH1516_ALE/1353804‑1353984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |