New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1353894 = | 179 (0.880) | 9 (0.050) | 5/134 | NT | 5.6% | intergenic (+87/+56) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1353946 = | 154 (0.900) | intergenic (+139/+4) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
ATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCG > USA300TCH1516_ALE/1353856‑1354036 | ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt < 1:2519306/91‑1 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt > 1:2705598/1‑91 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt < 1:1798660/91‑1 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt < 2:2865670/91‑1 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTa > 2:685389/1‑91 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTa < 1:1481822/91‑1 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGCGCGTATCGAGCGTGATGGATTATTATGCCTTTGCTTTTa > 1:3678090/1‑91 (MQ=255) attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTAc < 1:2108919/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 2:404106/91‑1 (MQ=255) taCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACtt > 1:1018804/1‑91 (MQ=255) aCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCAGAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTg < 1:3139075/91‑1 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGaa < 1:1110833/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAata < 2:607217/91‑1 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACGATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata < 2:3907563/91‑1 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata > 2:2578507/1‑91 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata > 1:111477/1‑91 (MQ=255) gtttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:3925359/90‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:1497215/91‑1 (MQ=255) tttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGc < 1:2823606/91‑1 (MQ=255) tatatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtg > 1:3615457/1‑91 (MQ=255) tatatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtg < 2:2175476/91‑1 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 1:3498627/1‑91 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 2:207946/1‑91 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAACGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 2:3552112/1‑91 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGCATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgt > 2:3256464/1‑91 (MQ=255) tatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtgtg > 1:3276158/1‑91 (MQ=255) tataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAt < 1:620962/91‑1 (MQ=255) tataGAAATAATGTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAt < 1:145227/91‑1 (MQ=255) ataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAtt > 1:485536/1‑91 (MQ=255) gAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGa > 1:277352/1‑91 (MQ=255) aataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATc > 2:2216750/1‑91 (MQ=255) aataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATc < 1:1250997/91‑1 (MQ=255) aataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATc > 1:709672/1‑91 (MQ=255) ataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCa < 2:2769031/91‑1 (MQ=255) taatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCaa < 2:573270/91‑1 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc > 1:2671880/1‑91 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc < 1:54943/91‑1 (MQ=255) ttAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTg < 2:3851998/91‑1 (MQ=255) 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GGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtt > 2:1904185‑M1/1‑91 (MQ=255) GCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttt > 2:2926207‑M1/1‑91 (MQ=255) CATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttta < 2:3620088‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttat < 2:3750802‑M1/91‑1 (MQ=255) taataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttatt > 1:2589428‑M2/46‑91 (MQ=255) AATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattt < 2:1613310‑M1/91‑1 (MQ=255) AATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattt > 2:1703742‑M1/1‑91 (MQ=255) ataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 1:184804‑M2/44‑91 (MQ=255) ataatccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 2:2493392‑M2/44‑91 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 1:1285864‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta < 1:1764861‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACCATAGGGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 1:1563100‑M1/1‑91 (MQ=255) ACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAg < 1:1699195‑M1/91‑1 (MQ=255) ccATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAgg > 1:515251/1‑91 (MQ=255) cgtAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTAGTATGCCTGTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAGCCTGTTGTTTATGTAAAggg < 2:1338355/89‑1 (MQ=255) cATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAggg < 2:3645523/91‑1 (MQ=255) 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gcctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTaataat > 2:3409696‑M2/7‑91 (MQ=255) ctttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATAc > 1:987722‑M2/5‑91 (MQ=255) tttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACg > 2:467535‑M2/4‑91 (MQ=255) tttGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACg < 2:1963579‑M2/88‑1 (MQ=255) tGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTc < 1:2467687‑M2/90‑1 (MQ=255) gATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATAcgtcg > 1:2335853/1‑91 (MQ=255) | ATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCGCTAATAATACGTCG > USA300TCH1516_ALE/1353856‑1354036 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |