| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1361481 | 174 (0.850) | 11 (0.060) | 7/140 | NT | 6.7% | intergenic (+20/+273) | USA300HOU_RS06765/USA300TCH1516_01271 | Putative phosphatase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1361509 | 153 (0.860) | intergenic (+48/+245) | USA300HOU_RS06765/USA300TCH1516_01271 | Putative phosphatase/hypothetical protein | |||||
AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1361382‑1361481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagccttaacCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCATT < USA300TCH1516_ALE/1361509‑1361420 AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 2:2123240/1‑91AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 2:1019143/1‑91AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 2:2204784/1‑91AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA > 1:795022/1‑91AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATA < 1:3716082/91‑1 ACTTAAGTAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATGTTAAAATAA < 1:1971301/91‑1 ACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAA > 2:1753118/1‑91 ACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAA > 2:1170843/1‑91 ACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAA > 2:3718835/1‑91 ACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAA > 1:2576729/1‑91 CTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAG < 1:3704490/91‑1 TAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGGAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCC < 1:440780/91‑1 TAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCC > 1:1041150/1‑91 TAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCC > 2:1162018/1‑91 TAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCC > 2:3070448/1‑91 TAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCC < 1:2018981/91‑1 AAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT < 2:3459627/91‑1 AAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT > 1:1628181/1‑91 AAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT < 1:2036982/91‑1 AAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT < 1:2033509/91‑1 AAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAACGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCT > 2:2997214/1‑91 AGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:3902910/1‑91 AGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:3902486/1‑91 AGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 1:1613395/1‑91 AGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:2084372/1‑91 AGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 1:223027/1‑91 AGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGCATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTT > 2:2235866/1‑91 GCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTA < 2:777962/91‑1 CAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAA < 1:3527890/91‑1 AATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAAC > 2:3162282/1‑91 ATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATG < 1:2911539/91‑1 TGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTT < 2:3708442/91‑1 GAAAATAGTAGTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTAAAAATGAGCCTGAACCAGAAGATAGCTTATTCAAATATCATGTGTTA < 2:3545602/91‑1 AAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAA < 2:2259347/91‑1 AAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAA < 1:1388867/91‑1 AAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAA < 2:2259279/91‑1 AAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTG‑TATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAG < 2:803357/91‑1 AAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAG < 1:2386102/91‑1 AATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGG < 2:1601095/91‑1 AATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGG < 2:2149171/91‑1 AAAAAATTGTTATAAATTTTAAAAAAAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACA < 1:1529697/91‑1 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGGGCCTGTGGAATACC > 2:3352027/1‑91 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAGTACC < 2:450703/91‑1 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACC < 1:599409/91‑1 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACC < 2:2771467/91‑1 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACC > 2:2369339/1‑91 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACC > 2:2138072/1‑91 AAGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACC > 2:1251855/1‑91 AGCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCA < 2:2222248/91‑1 GCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCAT > 2:1647184/1‑91 GCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCAT < 1:1383304/91‑1 GCCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCAT < 2:1319112/91‑1 CCTTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATT < 1:788070/91‑1 TTAACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGATCTCTTGTGTAATATCATTTT > 2:3630590/1‑91 AACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCA < 1:1331610/91‑1 AACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCA < 1:1907593/91‑1 ACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCAT < 1:1205083/91‑1 ACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCAT < 1:3022369/91‑1 ACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCAT < 1:3022831/91‑1 ACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCAT < 1:3022918/91‑1 ACCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCAT > 1:3268252/1‑91 CCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCATT > 1:2164225/1‑91 CCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCATT < 1:675136/91‑1 CCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCATT < 1:980531/91‑1 AACTTAAGCAATATGCAAATGAAGTTACGTTGGATCATAATGAAAATGGTATTCCACATGCGCTCAAAAAATTGTTATAAATTTTAAAATAAGCCTTAAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1361382‑1361481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagccttaacCACAAGATATCTTATTCAAATATCATGTGTTAAGGCTTATTTTAAAATTTATAACAATTTTTTGAGCGCATGTGGAATACCATTTTCATT < USA300TCH1516_ALE/1361509‑1361420 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |