| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1371838 = | 163 (0.800) | 7 (0.040) | 5/142 | NT | 5.1% | coding (1368/1989 nt) | tkt | Transketolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1371876 = | 115 (0.640) | coding (1406/1989 nt) | tkt | Transketolase | |||||
ACATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1371936‑1371838‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgaagatgGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1371876‑1371965 ACATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTG < 2:3257245/91‑1ACATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTG < 2:2487057/91‑1 CATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGT > 2:1614036/1‑91 CATACATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGT < 1:3064176/91‑1 ATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTG < 1:711764/91‑1 ATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTG < 2:3604281/91‑1 ATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTG < 1:292691/91‑1 TTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGA < 1:3744878/91‑1 TTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGA < 1:3744815/91‑1 TTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTACAATTGAATCATGTGTGA > 2:1768582/1‑91 TCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAA < 2:3345834/91‑1 CATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAG > 1:432329/1‑91 CATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAG > 2:3210071/1‑91 ATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGA < 2:3823308/91‑1 ATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGA > 1:2071453/1‑91 TATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGAT > 2:3252837/1‑91 ATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCA > 1:2572363/1‑91 TCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATAT > 1:948154/1‑91 TCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATAT > 1:948293/1‑91 TCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATAT > 1:950315/1‑91 ACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATG > 1:3501440/1‑91 CCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAACATGAATGT > 2:1340660/1‑91 CTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTT > 1:1370873/1‑91 GTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAA > 1:2982987/1‑91 TGATGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAAT < 1:3065646/91‑1 TGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAAT < 1:2227679/91‑1 GAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATG < 1:709738/91‑1 GAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATG > 2:1799077/1‑91 GAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATG > 1:2107810/1‑91 GAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATG < 1:1512777/91‑1 GAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATG > 1:1238167/1‑91 AAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGA > 2:285042/1‑91 AAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGA > 2:285053/1‑91 AGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAA > 2:1615417/1‑91 AGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATGAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAATTATGAATGGTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAA < 2:939525/91‑1 GATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAAA < 1:1546570/91‑1 GATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATCAAA > 1:3065228/1‑91 ATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAAAC > 1:1656391/1‑91 GGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAAACAA < 2:1519534/91‑1 ACATTCATATTTGGAATGGCTCTTAATCCAGCTAATTGCTCAATTGGTTCATGAGTAGGACCATCTTCACCTACTGCAATTGAATCATGTGTGAAGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1371936‑1371838‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgaagatgGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAATATGAATGTTATCCGTCCTGCTGATGGTAATGAAACAA > USA300TCH1516_ALE/1371876‑1371965 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |