| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1371838 = | 163 (0.800) | 7 (0.040) | 5/142 | NT | 5.1% | coding (1368/1989 nt) | tkt | Transketolase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1371876 = | 115 (0.640) | coding (1406/1989 nt) | tkt | Transketolase | |||||
Only 100 of 201 total aligned reads displayed.
ACATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAA > USA300TCH1516_ALE/1371748‑1371927 | aCATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTc > 2:2928691/1‑91 (MQ=255) cATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCa < 1:2724976/91‑1 (MQ=255) cATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTAAGGGATTAAATGCAACGTTCa > 1:1033697/1‑91 (MQ=255) tttgattaccatcagcaggacggataacattcatatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATc > 1:3065228‑M1/88‑91 (MQ=255) tttcattaccatcagcaggacggataacattcatatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATc < 1:1546570‑M1/4‑1 (MQ=255) ttcattaccatcagcaggacggataccattcataattggaatggctcttaatccagctcattgctcaattggttcatgagtaggacCATCt < 2:939525‑M1/5‑1 (MQ=255) tcattaccatcagcaggacggataacattcatatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATCtt > 2:285053‑M1/86‑91 (MQ=255) cATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCtt > 1:2042570/1‑91 (MQ=255) cattaccatcagcaggacggataacattcatatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATCTTc > 2:1799077‑M1/85‑91 (MQ=255) tatGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTca > 1:3357020/1‑91 (MQ=255) tatGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTca < 1:851213/91‑1 (MQ=255) attaccatcagcaggacggataacattcatatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATCTTca < 1:2227679‑M1/8‑1 (MQ=255) atGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcac < 1:56238/91‑1 (MQ=255) tGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcaca > 2:1936495/1‑91 (MQ=255) tGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcaca < 2:2286742/91‑1 (MQ=255) ggTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcacac < 2:3480515/91‑1 (MQ=255) gTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcacaca > 2:3477546/1‑91 (MQ=255) gTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCAGCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTcacaca < 2:2955204/91‑1 (MQ=255) tGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACAt < 1:3082231/91‑1 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg < 2:2342808/91‑1 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg > 1:660841/1‑91 (MQ=255) gCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATg < 1:1395767/91‑1 (MQ=255) aCATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGAtt < 1:1809027/91‑1 (MQ=255) cATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTc > 1:1827919/1‑91 (MQ=255) ttcttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCaa > 1:1342370/1‑91 (MQ=255) ttcttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCaa > 1:2905856/1‑91 (MQ=255) tcttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAt > 1:2416581/1‑91 (MQ=255) tcttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAt > 1:982744/1‑91 (MQ=255) tcttcGTATTTAGTGAGTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAt > 1:978939/1‑91 (MQ=255) cttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAtt > 2:748012/1‑91 (MQ=255) cttcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAAtt < 2:1953167/91‑1 (MQ=255) tcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGc < 2:3896767/91‑1 (MQ=255) tcGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGc < 1:2430002/91‑1 (MQ=255) cGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCa > 1:2577196/1‑91 (MQ=255) cGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCa > 1:3467491/1‑91 (MQ=255) aTTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTa < 2:3266272/91‑1 (MQ=255) aTTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTa > 1:200347/1‑91 (MQ=255) aacattcatatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAg > 1:1370873‑M1/63‑91 (MQ=255) aGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTg < 2:2043115/91‑1 (MQ=255) aGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTg > 2:2697958/1‑91 (MQ=255) aGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTg > 1:2653743/1‑91 (MQ=255) gTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGa > 1:314645/1‑91 (MQ=255) gTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGa < 1:361543/91‑1 (MQ=255) tGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGaa > 2:1753133/1‑91 (MQ=255) attattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGa < 2:2448995/91‑1 (MQ=255) atatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGa > 1:948154‑M1/56‑91 (MQ=255) atatttggaatggctcttaatccagctaattgctcaattggttcatgagtaggacCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGa > 1:950315‑M1/56‑91 (MQ=255) tattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATg > 1:1480999/1‑91 (MQ=255) tattTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATg < 2:1985976/91‑1 (MQ=255) attTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATgg > 1:543611/1‑91 (MQ=255) tttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGt < 2:583003/91‑1 (MQ=255) tttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGt < 1:3308485/91‑1 (MQ=255) ttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTc > 1:3936159/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTc < 1:3249499/91‑1 (MQ=255) ttAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTc < 2:2458635/91‑1 (MQ=255) aaaaCCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCt < 1:1682953/91‑1 (MQ=255) aaaCCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTa < 2:2546178/91‑1 (MQ=255) aaaCCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTa < 1:2815688/91‑1 (MQ=255) cAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCa < 1:1942907/91‑1 (MQ=255) cAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCa < 1:1194201/91‑1 (MQ=255) cAGCGCTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCa < 2:3647162/91‑1 (MQ=255) aGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCAt > 2:2824255/1‑91 (MQ=255) cGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGa < 1:1089907/91‑1 (MQ=255) cGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGa > 1:1297807/1‑91 (MQ=255) gTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGaa < 2:1658365/91‑1 (MQ=255) gTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGaa > 1:2797230/1‑91 (MQ=255) ttACGTTTATCATCAATTATGGGTTTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAAc < 2:3011239/91‑1 (MQ=255) ttACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAAc > 1:2296010/1‑91 (MQ=255) cGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCaa < 2:1555002/91‑1 (MQ=255) cGTTTATCAGCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACGCATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCaa < 2:1245511/91‑1 (MQ=255) tttATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAAtt > 2:1617843/1‑91 (MQ=255) tttATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAAtt > 2:2196120/1‑91 (MQ=255) tttATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAAtt > 2:2361566/1‑91 (MQ=255) ttATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTg < 2:1606535/91‑1 (MQ=255) tATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGa > 1:1240456/1‑91 (MQ=255) tcatcaATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGc < 2:1736174/91‑1 (MQ=255) tcatcaATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGc > 2:3070306/1‑91 (MQ=255) tcatcaATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGc < 2:1201895/91‑1 (MQ=255) tcaATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAAt < 2:795316/91‑1 (MQ=255) ttATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGc < 2:145296/91‑1 (MQ=255) ttATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGc < 2:1342087/91‑1 (MQ=255) tATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCt > 2:1535205/1‑91 (MQ=255) tATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCt < 1:1652886/91‑1 (MQ=255) aTGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGGAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTg < 1:3949598/91‑1 (MQ=255) gggATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGa > 2:1257376/1‑91 (MQ=255) gggATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGa > 2:1918359/1‑91 (MQ=255) ggATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGAt > 1:3043099/1‑91 (MQ=255) aTTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGGTTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTa < 1:3178202/91‑1 (MQ=255) ttAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTaa < 1:2937741/91‑1 (MQ=255) ttAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTaa < 2:133916/91‑1 (MQ=255) ttAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTaa < 2:2105819/91‑1 (MQ=255) aaaTGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAaga > 2:1781735/1‑91 (MQ=255) tGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGcc < 1:2970328/91‑1 (MQ=255) tGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGcc < 1:869717/91‑1 (MQ=255) aCGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTc > 2:3727284/1‑91 (MQ=255) aCGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTc < 1:3274521/91‑1 (MQ=255) aCGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTc > 1:3641423/1‑91 (MQ=255) gTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCa < 2:335219/91‑1 (MQ=255) gTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCa > 2:1503158/1‑91 (MQ=255) tCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCaaa > 1:1862581/1‑91 (MQ=255) | ACATCCATATGGTGCAACATTCTTCGTATTTAGTGATTATTTAAAACCAGCGTTACGTTTATCATCAATTATGGGATTAAATGCAACGTTCATCTTCACACATGATTCAATTGCAGTAGGTGAAGATGGTCCTACTCATGAACCAATTGAGCAATTAGCTGGATTAAGAGCCATTCCAAA > USA300TCH1516_ALE/1371748‑1371927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |