| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1392266 = | 231 (1.130) | 13 (0.070) | 9/140 | NT | 6.7% | intergenic (+40/‑460) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1392308 = | 162 (0.910) | intergenic (+82/‑418) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator | |||||
TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1392365‑1392266‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcagggtttTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > USA300TCH1516_ALE/1392308‑1392397 TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC < 2:2780988/91‑1TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACC > 1:462305/1‑91 AATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCT > 2:3213081/1‑91 AATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCT < 1:292357/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAGTGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 1:3666163/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCct < 1:127470/91‑3 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 1:3887976/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:2765686/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:2599345/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC > 2:3211664/1‑91 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:526724/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 1:463439/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 1:463157/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:892708/91‑1 ATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTC < 2:917738/91‑1 TCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA < 2:2221237/91‑1 TCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCA < 1:1577711/91‑1 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 1:2055902/91‑1 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 2:271367/91‑1 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG > 2:2259880/1‑91 CAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAG < 2:271193/91‑1 AAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGG > 1:1585870/1‑91 ATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGT > 1:2224829/1‑91 ATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGT > 2:2052596/1‑91 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT > 2:1971620/1‑91 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT > 2:1139007/1‑91 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT < 2:3459528/91‑1 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT > 1:141168/1‑91 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT > 1:2691453/1‑91 TCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTT > 1:2554814/1‑91 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGTGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT > 2:762743/1‑91 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT > 2:874781/1‑91 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT < 2:1423129/91‑1 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT < 2:1422665/91‑1 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT < 2:79141/91‑1 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT < 1:3664479/91‑1 CTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT < 1:3664967/91‑1 TAGATTAACTAGTGTAAGGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAATTCTTGAGATTTTCGTTTTAATTTGAAAACCTTAGGGTTatt > 2:1789287/1‑88 CCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTT > 1:1948145/1‑91 CCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTT > 1:2525060/1‑91 CTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTG > 2:3166488/1‑91 TGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGA > 2:698653/1‑91 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGAT > 1:3660556/1‑91 GAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGAT > 1:3660732/1‑91 GATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTCAGATTTGATTA > 1:3576338/1‑91 TCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATAT > 2:2695741/1‑91 TCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATAT > 1:3679317/1‑91 CGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATT > 2:1560275/1‑91 CTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAA > 1:2969634/1‑91 TTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTATTTAACCTAAGATTTGATTATATATTAATA > 1:1593129/1‑91 TTAATTTGAAAACCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATA > 1:1592934/1‑91 CTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAG > 1:3554991/1‑91 TCATGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTTATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 2:2559764/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA > 1:2269629/1‑91 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 2:3555951/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA < 1:2303364/91‑1 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA > 1:279071/1‑91 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA > 2:537938/1‑91 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGA > 1:3939974/1‑91 TCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAAGGATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAAGATAGTAAGGTTGAGA < 2:3555952/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCGTGTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT < 2:2014125/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGCTTTGATTCTATATTACTATAGTAAGGTTGAGAT > 2:232518/1‑91 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT < 2:808948/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT < 2:2926353/91‑1 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 2:931771/1‑91 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 2:2626713/1‑91 CAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGAT > 2:1937151/1‑91 agttTTTTAAATTTGTGCTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT < 2:3787845/87‑1 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTACTCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT > 2:3463484/1‑91 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT > 2:3054448/1‑91 AGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATT < 1:74466/91‑1 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTGTATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT < 1:128496/91‑1 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT > 2:1846655/1‑91 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT < 1:128315/91‑1 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT > 1:2485762/1‑91 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT > 1:2485851/1‑91 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT > 1:2485878/1‑91 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT > 1:676140/1‑91 GGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTT > 2:1393542/1‑91 GGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTGAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTA < 2:1202840/91‑1 GTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTAT < 1:604012/91‑1 TTTTAAATTTGTACTCTATTTTCATCTGTATCATTACACTAGTTAAGCTAAGTTTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATT < 2:2618670/91‑1 TTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATT < 2:1800945/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:2728269/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:762695/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 1:3841386/91‑1 TTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTT < 2:2003700/91‑1 TTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > 2:2420217/1‑91 TTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > 1:2436802/1‑91 TAATCAAATCTTAGATTAACTAGTGTAATGATACAGATGATAATTGAGTACAAATTTAAAACCCTGAGATTTTCGCTTTAATTTGAAAACCTCAGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1392365‑1392266‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctcagggtttTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAGATTTGATTATATATTAATATAGTAAGGTTGAGATTTATTTC > USA300TCH1516_ALE/1392308‑1392397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |