| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1392266 = | 231 (1.130) | 13 (0.070) | 9/140 | NT | 6.7% | intergenic (+40/‑460) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1392308 = | 162 (0.910) | intergenic (+82/‑418) | alsT/glcT | Amino‑acid carrier protein AlsT/GlcA/glcB genes antiterminator | |||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TTTGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAATCTCAGGGTTTTAAATTTGTACTCAATTATCATCTGTATCATTACACTAGTTAATCTAAG > USA300TCH1516_ALE/1392176‑1392356 | gaaataaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaa > 1:2436802‑M1/91‑91 (MQ=255) aaataaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaaa < 2:2728269‑M1/2‑1 (MQ=255) tGGAATTAGTGCTTGGGGCGCTCACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAGTATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATaaa < 2:3006693/91‑1 (MQ=255) aaatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAAccc > 1:676140‑M1/86‑91 (MQ=255) aatctcaaccttactatattaatatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCt > 2:3054448‑M1/85‑91 (MQ=255) aTTAGTGCTTGGGGCGCTAACAAATATAAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCt > 1:2865845/1‑91 (MQ=255) 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atatataatcaaatcttagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGa > 2:2695741‑M1/64‑91 (MQ=255) tataAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGaaaa < 2:2444516/91‑1 (MQ=255) tataAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGaaaa > 1:3004150/1‑91 (MQ=255) tataAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGaaaa > 1:542532/1‑91 (MQ=255) taatcaaatctgagattaactagtgtaatgatacagatgataattgagtacaaatttaAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAAtc > 1:3576338‑M1/59‑91 (MQ=255) taAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAAtc > 2:3758690/1‑91 (MQ=255) taAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAAtc < 2:2903146/91‑1 (MQ=255) taAGAACTCTGATAAATAAATATTTTTAATGTAACGATTCATTATATAAAAATCAAATAAACCCTGAGGTTTTCAAATTAAAGCGAAAAtc < 2:1679780/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |