| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1394924 = | 166 (0.810) | 14 (0.080) | 5/132 | NT | 9.1% | intergenic (+4/‑477) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1394966 = | 144 (0.860) | intergenic (+46/‑435) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAATTTATAAGCTAAACATGTGCTGATAATCATAAATGTAACTGCCCAACATTATAAGCACCATAAAAAATACCAACAAACATATAGTCATTGGTATTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1395027‑1394924‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGCA > USA300TCH1516_ALE/1394966‑1395055 AAATTTATAAGCTAAACATGTGCTGATAATCATAAATGTAACTGCCCAACATTATAAGCACCATAAAAAATACCAACAAACATATAGTCAT < 1:3607586/91‑1AAATTTATAAGCTAAACATGTGCTGATAATCATAAATGTAACTGCCCAACATTATAAGCACCATAAAAAATACCAACAAACATATAGTCAT < 2:3601041/91‑1 AATTTATAAGCTAAACATGTGCTGATAATCATAAATGTAACTTCCCAACACTATAAGCACCATAAAAAATACCAACAAACATATAGTCATT < 2:1916696/91‑1 AATTTATAAGCTAAACATGTGCTGATAATCATAAATGTAACTGCCCAACATTATAAGCACCATAAAAAATACCAACAAACATATAGTCATT < 2:414756/91‑1 AATTTATAAGCTAAACATGTGCTGATAATCATAAATGTAACTGCCCAACATTATAAGCACCATAAAAAATACCAACAAACATATAGTCATT < 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USA300TCH1516_ALE/1394966‑1395055 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |