| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1394924 = | 166 (0.810) | 14 (0.080) | 5/132 | NT | 9.1% | intergenic (+4/‑477) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1394966 = | 144 (0.860) | intergenic (+46/‑435) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTT > USA300TCH1516_ALE/1394835‑1395014 | aaTTATTTAAAGGGCGATATAATCGTGTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAATGTAATAAAATAGTTGAATAAATA‑‑AT < 2:1341337‑M1/91‑1 (MQ=255)aaTTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT < 1:1896994‑M1/91‑1 (MQ=255)aaTTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT < 1:3196994‑M1/91‑1 (MQ=255) ttattTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAA < 1:3448144‑M1/91‑1 (MQ=255) ttattTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAA < 2:1222537‑M1/91‑1 (MQ=255) ttattTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAA < 1:3541468‑M1/91‑1 (MQ=255) gctttataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccAt > 1:2410263‑M1/90‑91 (MQ=255) gctttataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccAt > 2:2085230‑M1/90‑91 (MQ=255) ctttataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATa < 2:1721738‑M1/3‑1 (MQ=255) ttataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATaaa < 1:635926‑M1/5‑1 (MQ=255) tataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATaaaa > 1:1263919‑M1/86‑91 (MQ=255) tataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATaaaa > 1:1671058‑M1/86‑91 (MQ=255) tAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAAT > 2:2144498‑M1/1‑91 (MQ=255) ataaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATaaaaa > 1:2949813‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaCGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATA > 1:1592943‑M1/1‑91 (MQ=255) aaaCGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATA < 2:1006471‑M1/91‑1 (MQ=255) aaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAAt > 1:442370‑M1/83‑91 (MQ=255) aaacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAAt < 1:1692877‑M1/9‑1 (MQ=255) aaCGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGCAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATAC > 1:2182077‑M1/1‑91 (MQ=255) aacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATa < 2:363724‑M1/10‑1 (MQ=255) aacggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATa > 1:838204‑M1/82‑91 (MQ=255) acggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATAc < 2:3153304‑M1/11‑1 (MQ=255) acggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattaaaaaaaaaAAAAAAAATAc > 2:705215‑M1/81‑91 (MQ=255) gTCGATACAATCGTTTCTATGGTACTGATGTAGGTGAATATGATATTAAACAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAA < 2:3667364‑M1/91‑1 (MQ=255) cggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATAcc < 2:3043847‑M1/12‑1 (MQ=255) cggctaaactttcgtaaaaatttataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATAcc < 2:1197950‑M1/12‑1 (MQ=255) tCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAAt > 1:2352056/1‑91 (MQ=255) tCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAAt > 2:3493267/1‑91 (MQ=255) tCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT‑AAAAATACCAATg > 1:2572454/1‑91 (MQ=255) cGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATg > 1:2601913/1‑91 (MQ=255) cGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATg < 1:2647506/91‑1 (MQ=255) cGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATg > 2:914230/1‑91 (MQ=255) gATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGa > 1:2658268/1‑91 (MQ=255) aTACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGAc > 1:1454271/1‑91 (MQ=255) tACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACt > 1:2834312/1‑91 (MQ=255) tACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACt > 1:902321/1‑91 (MQ=255) tACAATCGTTTCAATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACt > 1:3035429/1‑91 (MQ=255) aCAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACta < 2:719931/91‑1 (MQ=255) cAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACtat > 2:2569811/1‑91 (MQ=255) aTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTatat > 1:1030378/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATAtg < 2:2639868/91‑1 (MQ=255) tCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATAtg > 1:1122063/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATAtg > 2:3844841/1‑91 (MQ=255) tCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATAtg > 1:360322/1‑91 (MQ=255) tATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttg < 2:1863133‑M2/91‑4 (MQ=255) aTGGTAATGATGTATGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAGTAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg > 2:1472096‑M2/1‑87 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg < 2:468585‑M2/91‑5 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg > 1:2918080‑M2/1‑87 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg < 2:1264016‑M2/91‑5 (MQ=255) tGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggg < 2:3937710‑M2/91‑6 (MQ=255) ggTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggta > 1:3937838‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtat < 1:1500422‑M2/91‑8 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:2884088‑M1/58‑91 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:961888‑M1/58‑91 (MQ=255) taataaTGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt > 2:3723491‑M2/1‑83 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtatt < 2:1824245‑M1/91‑23 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt < 1:550052‑M2/91‑9 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt > 2:3896713‑M2/1‑83 (MQ=255) ataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTAt > 1:139890‑M1/57‑91 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtatttt < 2:1924086‑M1/91‑25 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttt > 1:2476465‑M2/1‑81 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttt > 2:1655120‑M2/1‑81 (MQ=255) gatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATATAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttttt < 2:3854874‑M2/91‑13 (MQ=255) atgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttttta > 1:1965033‑M2/1‑78 (MQ=255) atgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGGA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtagttttta > 2:2913739‑M2/1‑78 (MQ=255) ggTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTg > 2:2418358/1‑91 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATTAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCt < 1:3687497/91‑1 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt < 1:788420/91‑1 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt < 1:665309/91‑1 (MQ=255) aaTATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTta > 2:3417689/1‑91 (MQ=255) atatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtat < 2:432647/91‑1 (MQ=255) atatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGCACCATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtattttttattacttat < 2:275118‑M1/91‑36 (MQ=255) tatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtata > 2:229787/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAACTACCAATGACTCTATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGATTATAAt > 1:178726/1‑91 (MQ=255) tGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAAt > 1:3915269/1‑91 (MQ=255) gATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATg < 1:275688/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 1:3769054/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg < 1:3090208/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 1:2497183/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTgg > 1:370642/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 1:3395128/91‑1 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTa > 1:2072091/1‑91 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc > 2:137836/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACa < 2:2457012/91‑1 (MQ=255) taataaAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAt > 1:3280750/1‑91 (MQ=255) aataaAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAtt < 2:1566228/91‑1 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 2:815687/1‑91 (MQ=255) taaAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTa > 1:2228249/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 2:2607775/1‑91 (MQ=255) aTAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGAt > 2:2549269/1‑91 (MQ=255) tAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGAtt > 2:1058130/1‑91 (MQ=255) aGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTa < 2:278299/91‑1 (MQ=255) gTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTAt > 1:3846558/1‑91 (MQ=255) gAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAg > 2:1518348/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 1:378328/1‑91 (MQ=255) aTAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca < 1:3249371/91‑1 (MQ=255) aTAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca < 2:3212950/91‑1 (MQ=255) aGTA‑‑CTAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatattatattaacc < 1:1721194‑M2/91‑60 (MQ=255) aGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacc < 1:2833058‑M2/91‑60 (MQ=255) ataaAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctaca < 2:3294695‑M2/91‑64 (MQ=255) | AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTT > USA300TCH1516_ALE/1394835‑1395014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |