New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1394924 = | 166 (0.810) | 14 (0.080) | 5/132 | NT | 9.1% | intergenic (+4/‑477) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1394966 = | 144 (0.860) | intergenic (+46/‑435) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
GTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGCAC > USA300TCH1516_ALE/1394876‑1395056 | aGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGt > 2:2382932/1‑91 (MQ=255) ggTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTg < 1:2512547/91‑1 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCt < 2:714777/91‑1 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTCTTTATGGTGCt > 1:3580915/1‑91 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt > 2:3013704/1‑91 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt < 1:665309/91‑1 (MQ=255) aaTATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTta > 2:2087393/1‑91 (MQ=255) tatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtata > 2:1202113/1‑91 (MQ=255) atGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATaa > 1:2858503/1‑91 (MQ=255) gATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATg < 1:275688/91‑1 (MQ=255) tatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGtt > 2:162461/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 1:3769054/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg < 1:3090208/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAAGACAATAAGGATGTTGGTATTATTTATGGAGCTTATAATGTTg > 2:1004381/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 2:2541557/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 1:17833/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 2:1432484/91‑1 (MQ=255) aaagaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGc > 1:3693194/1‑91 (MQ=255) gaacgTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATGCCAATGCCTATATGTTTGTTGGTATTTATTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 2:3419356/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:1790634/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt > 1:2346294/1‑91 (MQ=255) gTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACa < 2:2457012/91‑1 (MQ=255) taataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAt > 1:3280750/1‑91 (MQ=255) taataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAt > 2:1705495/1‑91 (MQ=255) taataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAt > 1:2674964/1‑91 (MQ=255) aataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAtt > 1:3001167/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt < 1:2885061/91‑1 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAtttt > 2:3871480/1‑90 (MQ=255) taaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTa > 1:3033311/1‑91 (MQ=255) taaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTa > 1:2228249/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 2:2607775/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGa > 1:915203/1‑91 (MQ=255) aTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGAt > 2:3693471/1‑91 (MQ=255) aGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTa > 1:2478410/1‑91 (MQ=255) gTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTAt > 1:3846543/1‑91 (MQ=255) ttGAATAAGTAATAAAAAATACCAATAACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATc > 2:2244984/1‑91 (MQ=255) tGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCa > 1:2009283/1‑91 (MQ=255) gAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAg > 2:1532894/1‑91 (MQ=255) aaTAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGc > 1:378292/1‑91 (MQ=255) aTAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca < 1:3249215/91‑1 (MQ=255) aTAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGca < 2:1152413/91‑1 (MQ=255) taataaAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGt > 1:2097423/1‑91 (MQ=255) taataaAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGt > 2:802880/1‑91 (MQ=255) aataaAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGtt < 2:2576147/91‑1 (MQ=255) aataaAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGtt > 1:2550007/1‑91 (MQ=255) ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGttt < 1:3535622‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGttt > 2:327081‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGttt < 1:2919919‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaaataccaacaaacatatagtcattggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAg > 2:409468‑M2/41‑91 (MQ=255) AAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTTTAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAg < 2:876816‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGc < 1:3651471‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGc < 2:434555‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGAAGTTACATTTCTGATTATCAGCACATGTTTAGc < 2:1841200‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCt > 1:581570‑M1/1‑91 (MQ=255) 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taccaacaaacatatagtcattggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTtata > 1:80104‑M2/35‑91 (MQ=255) taccaacaaacatatagtcattggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTtata > 1:1257779‑M2/35‑91 (MQ=255) taccaacaaacatatagtcattggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTtata > 1:961888‑M2/35‑91 (MQ=255) taccaacaaacatatagtcattggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTtata > 1:3443484‑M2/35‑91 (MQ=255) TACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTtata < 1:1104358‑M1/91‑1 (MQ=255) CCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCATATAATGTTGGGCGGTTACATTTATGACTATCAGCACATGTTTAGCTCATaaa < 1:3669696‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAGTGTTGGGAAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt < 2:1916696‑M1/91‑1 (MQ=255) AATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt < 1:1045839‑M1/91‑1 (MQ=255) 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ggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCg < 2:3403361‑M2/79‑1 (MQ=255) ggtattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCg < 1:126858‑M2/79‑1 (MQ=255) tattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGtt < 2:364340‑M2/81‑1 (MQ=255) tattttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGtt < 2:1377538‑M2/81‑1 (MQ=255) attttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGttt < 1:1692877‑M2/82‑1 (MQ=255) ttttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTtata > 1:1671043‑M2/7‑91 (MQ=255) tttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATaa < 2:1826264‑M2/86‑1 (MQ=255) tttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATaa < 1:635926‑M2/86‑1 (MQ=255) ttatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATaaa > 1:1468882‑M2/5‑91 (MQ=255) tatGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAg > 1:3709069‑M2/4‑91 (MQ=255) atGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGc > 1:2410263‑M2/3‑91 (MQ=255) atGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGc > 1:1405744‑M2/3‑91 (MQ=255) tGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGCa > 1:434930‑M2/2‑91 (MQ=255) ggTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGcac < 1:1566213/91‑1 (MQ=255) | GTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGCCGTTTATAAAGCAC > USA300TCH1516_ALE/1394876‑1395056 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |