| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394937 | 158 (0.780) | 15 (0.090) | 9/132 | NT | 9.9% | intergenic (+17/‑464) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394951 | 144 (0.860) | intergenic (+31/‑450) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑ATAAAAAATACCAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1394835‑1394937‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaaaaataccaaCAAACATATAGTCATTGGTATTTTTTATTACTTATTCAACTATTTTATTACTTTCTTTAATATCATATTCACCTACATCATTACCATAGA < USA300TCH1516_ALE/1394951‑1394862 AATTATTTAAAGGGCGATATAATCGTGTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAATGTAATAAAATAGTTGAATAAATA‑‑AT < 2:1341337/91‑1AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT > 2:1325524/1‑91AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT > 1:539196/1‑91AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT > 1:1690199/1‑91AATTATTTAAACGTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTA‑‑AT > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |