| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394937 | 158 (0.780) | 15 (0.090) | 9/132 | NT | 9.9% | intergenic (+17/‑464) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394951 | 144 (0.860) | intergenic (+31/‑450) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTTTTACGAAAGTTTAGC > USA300TCH1516_ALE/1394862‑1395042 | tCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGt > 1:294457‑M2/1‑90 (MQ=255) tATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttg < 2:1742187‑M2/91‑4 (MQ=255) tATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttg < 2:1500024‑M2/91‑4 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg < 2:468585‑M2/91‑5 (MQ=255) tGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggg < 2:3937710‑M2/91‑6 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:1257779‑M1/58‑91 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:3443484‑M1/58‑91 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:80104‑M1/58‑91 (MQ=255) ggTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATGAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggta > 2:3025924‑M2/1‑85 (MQ=255) ggTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggta > 1:3937655‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtat < 1:1856618‑M2/91‑8 (MQ=255) ataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTAt > 1:139890‑M1/57‑91 (MQ=255) taataaTGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt > 2:3723491‑M2/1‑83 (MQ=255) taagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCGATGACTATATGTTTGTTGGTAtt > 2:695665‑M1/56‑91 (MQ=255) taagctaaacatgtgctgataatcagaaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTAtt > 1:3668759‑M1/56‑91 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt > 2:3170590‑M2/1‑83 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt > 2:3896713‑M2/1‑83 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttt > 1:2476465‑M2/1‑81 (MQ=255) tgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttt < 2:426536‑M2/91‑12 (MQ=255) gatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATATAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttttt < 2:3854874‑M2/91‑13 (MQ=255) atgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGGAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtagttttta > 2:2913739‑M2/1‑78 (MQ=255) tgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtattttttat < 1:265093‑M2/91‑15 (MQ=255) 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tatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGtt < 2:438327/91‑1 (MQ=255) tatTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGtt > 2:162461/1‑91 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg < 1:3090208/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg > 1:2497183/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 2:1432484/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 1:17833/91‑1 (MQ=255) aaagaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGc > 1:3693068/1‑91 (MQ=255) aagaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCa > 2:387208/1‑91 (MQ=255) 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ataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 2:815687/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 2:1209938/1‑91 (MQ=255) taaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTa > 2:767005/1‑91 (MQ=255) aaaaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTAt > 2:2607775/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGa > 1:915203/1‑91 (MQ=255) aTAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGAt > 2:2549269/1‑91 (MQ=255) tAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGAtt > 2:1058130/1‑91 (MQ=255) aGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTa > 2:1003857/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |