| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394937 | 158 (0.780) | 15 (0.090) | 9/132 | NT | 9.9% | intergenic (+17/‑464) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1394951 | 144 (0.860) | intergenic (+31/‑450) | tqsA/mprF | AI‑2 transport protein TqsA/Phosphatidylglycerol lysyltransferase | |||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
GTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1394847‑1395027 | tCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAt > 1:2352056/1‑91 (MQ=255) tCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAATACCAATg > 1:2572454/1‑91 (MQ=255) cGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATg > 2:914230/1‑91 (MQ=255) gATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGa > 1:3237452/1‑91 (MQ=255) gATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGa > 2:2763764/1‑91 (MQ=255) gATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGa > 1:2658268/1‑91 (MQ=255) tACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACt > 1:2834312/1‑91 (MQ=255) aCAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACta < 2:719931/91‑1 (MQ=255) cAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACtat > 1:1184790/1‑91 (MQ=255) aaTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACtata > 2:3854151/1‑91 (MQ=255) aTCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTatat > 1:1030378/1‑91 (MQ=255) cGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATAtgt < 2:2569374/91‑1 (MQ=255) gTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATAtgtt < 2:2458131/91‑1 (MQ=255) tCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGt > 1:294516‑M2/1‑90 (MQ=255) tCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGt < 2:855014‑M2/91‑2 (MQ=255) cTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGtt > 2:1241371‑M2/1‑89 (MQ=255) aTGGTAATGATGTATGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAGTAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg > 2:1472096‑M2/1‑87 (MQ=255) aTGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttgg < 2:468585‑M2/91‑5 (MQ=255) tGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggg < 2:3937710‑M2/91‑6 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:80104‑M1/58‑91 (MQ=255) tataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTa > 1:2884088‑M1/58‑91 (MQ=255) ggTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATGAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggta > 2:3025924‑M2/1‑85 (MQ=255) ggTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggta > 1:3937655‑M2/1‑85 (MQ=255) ataagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTAt > 1:139890‑M1/57‑91 (MQ=255) taagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCGATGACTATATGTTTGTTGGTAtt > 2:695665‑M1/56‑91 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtatt < 2:1824245‑M1/91‑23 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtatt < 1:1467917‑M1/91‑23 (MQ=255) tAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatt < 1:550052‑M2/91‑9 (MQ=255) agtgaggtaGGTGAATATGATATTAATGAAAGTAATAAAATAGTTGGATAAGTAATTAGAAATGCCAATGACTATATGTTTGttggtattt > 2:1774638‑M2/3‑82 (MQ=255) aagctaaacatgtgctgataatcataaatgtaactgcccaacattataagcaccATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTAttt > 1:3858587‑M1/55‑91 (MQ=255) atgatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttt > 1:2476465‑M2/1‑81 (MQ=255) gatgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttttt > 2:3740168‑M2/1‑79 (MQ=255) atgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGttggtatttttta > 1:1965033‑M2/1‑78 (MQ=255) tgTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtattttttat < 2:3294695‑M1/91‑29 (MQ=255) aGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGt > 2:2382932/1‑91 (MQ=255) ggTTAATATAATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtattttttagtact < 1:1721194‑M1/91‑33 (MQ=255) ggTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAcaaacatatagtcattggtattttttattact < 1:2833058‑M1/91‑33 (MQ=255) ggTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTg < 1:2512547/91‑1 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCt < 2:3181825/91‑1 (MQ=255) tGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTCTTTATGGTGCt > 1:3580915/1‑91 (MQ=255) gAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCtt < 1:1664573/91‑1 (MQ=255) aaTATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTta < 2:3584777/91‑1 (MQ=255) tatGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTtata > 2:1202113/1‑91 (MQ=255) atGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATaa < 2:1424213/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTg < 1:3090208/91‑1 (MQ=255) atTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAAAGACAATAAGGATGTTGGTATTATTTATGGAGCTTATAATGTTg > 2:1004381/1‑91 (MQ=255) ttAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTgg > 1:370642/1‑91 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 1:3395128/91‑1 (MQ=255) tAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTggg < 1:17833/91‑1 (MQ=255) aaagaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGc > 1:3693194/1‑91 (MQ=255) aagaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCa < 1:3455871/91‑1 (MQ=255) taaatTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATTTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 2:2894788/90‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGt < 1:3770596/91‑1 (MQ=255) gaaagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGAGCTTATAATGTTGGGCAGt > 1:945277/1‑91 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTa > 2:1563258/1‑91 (MQ=255) aagTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTa > 1:2072091/1‑91 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc < 1:402474/91‑1 (MQ=255) agTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTAc > 1:657973/1‑91 (MQ=255) taataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAt > 2:1705495/1‑91 (MQ=255) taataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAt > 1:3280750/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAttt > 2:1209938/1‑91 (MQ=255) ataaAATAGTTGAATAAGTAAT‑AAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACAtttt > 2:3871480/1‑90 (MQ=255) 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ccAAcaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctacatcattaccat < 2:1264016‑M1/91‑88 (MQ=255) CCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCATATAATGTTGGGCGGTTACATTTATGACTATCAGCACATGTTTAGCTCATaaa < 1:3669696‑M1/91‑1 (MQ=255) caacaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctacatcattaccata < 2:1863133‑M1/91‑89 (MQ=255) aacaaacatatagtcattggtattttttattacttattcaactattttattactttctttaatatcatattcacctacatcattaccatag < 2:1502459‑M1/91‑90 (MQ=255) AATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAGTGTTGGGAAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAtt < 2:1916696‑M1/91‑1 (MQ=255) ATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAAttt < 1:3607586‑M1/91‑1 (MQ=255) | GTCGATACAATCGTTTCTATGGTAATGATGTAGGTGAATATGATATTAAAGAAAGTAATAAAATAGTTGAATAAGTAATAAAAAATACCAATGACTATATGTTTGTTGGTATTTTTTATGGTGCTTATAATGTTGGGCAGTTACATTTATGATTATCAGCACATGTTTAGCTTATAAATTT > USA300TCH1516_ALE/1394847‑1395027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |