| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1435387 = | 198 (0.970) | 19 (0.110) | 11/140 | NT | 11.2% | intergenic (+24/‑119) | dapH/yxeP_3 | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1435417 = | 129 (0.730) | intergenic (+54/‑89) | dapH/yxeP_3 | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase/putative hydrolase YxeP | |||||
AATTACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCTCAACCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1435484‑1435387‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctcaaccttATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAATTA > USA300TCH1516_ALE/1435417‑1435506 AATTACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCT > 2:735524/1‑91AATTACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCT < 1:977520/91‑1 ATTACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCTC < 1:1522599/91‑1 TTACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCTCA < 2:3590759/91‑1 TACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCTCAA > 1:1806586/1‑91 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ACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATA > 1:2613168/1‑91 CCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAA > 1:2931369/1‑91 CCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAA > 1:1704848/1‑91 CTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAAT < 2:2284154/91‑1 TATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAATTA > 2:824962/1‑91 TATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAATTA < 2:1138745/91‑1 AATTACTATATAAATAGTGTAACGTATTTCGAAATTTGTGATCATAAGTTTATTCAATGCTAAACAATAAGGTTGAGACATAATCGTATCTCAACCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1435484‑1435387‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tctcaaccttATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATATAGTAATTTAACACAAAGGATTGATAATTA > USA300TCH1516_ALE/1435417‑1435506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |