| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1435387 = | 198 (0.970) | 19 (0.110) | 11/140 | NT | 11.2% | intergenic (+24/‑119) | dapH/yxeP_3 | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase/putative hydrolase YxeP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1435417 = | 129 (0.730) | intergenic (+54/‑89) | dapH/yxeP_3 | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑acetyltransferase/putative hydrolase YxeP | |||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
AGCAAGCTTCTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATAT > USA300TCH1516_ALE/1435296‑1435477 | caagcTTCTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCaa > 1:119713/1‑91 (MQ=255) caagcTTCTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCaa < 2:244421/91‑1 (MQ=255) aagcTTCTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAg < 2:2296253/91‑1 (MQ=255) ttatcaatcctttgtgttaaattactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAgg > 1:2931369‑M1/88‑91 (MQ=255) ttatcaatcctttgtgttaaattactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAgg > 1:1704848‑M1/88‑91 (MQ=255) gcTTATGAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGt < 2:2494103/91‑1 (MQ=255) cTTCTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGtt > 1:381711/1‑91 (MQ=255) atcaatcctttgtgttaaattactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAGGtt < 2:3265069‑M1/6‑1 (MQ=255) tcaatcctttgtgttaaattactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAGGTTg < 1:2239552‑M1/7‑1 (MQ=255) cTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTgag < 2:1079167/91‑1 (MQ=255) tGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTgaga > 1:3600486/1‑91 (MQ=255) tGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTgaga > 1:248820/1‑91 (MQ=255) tGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGAATAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTgaga > 2:3904844/1‑91 (MQ=255) tGAAGTACAAGAAACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTgaga < 2:2662573/91‑1 (MQ=255) ggAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCTTTAAGAAAACGGAATGACTAGTGACGGCAACGTATAATAATTGCAAGGTTgaga < 2:2326065/90‑1 (MQ=255) atcctttgtgttaaattactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAGGTTgaga < 1:1014629‑M1/10‑1 (MQ=255) gAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGAt > 1:1890271/1‑91 (MQ=255) aaGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATa < 2:1306122/91‑1 (MQ=255) aGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATAc < 1:2510451/91‑1 (MQ=255) aGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATAc > 2:1425663/1‑91 (MQ=255) tACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGa < 2:691808/91‑1 (MQ=255) aCAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGAt > 1:3167083/1‑91 (MQ=255) aCAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGAt > 2:3353520/1‑91 (MQ=255) aCAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGAt > 2:2519738/1‑91 (MQ=255) cAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGAtt > 1:2292163/1‑91 (MQ=255) aGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTAt < 1:426362/91‑1 (MQ=255) aGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTAt > 1:2192867/1‑91 (MQ=255) ttaaattactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAGGTTGAGATACGATTATg > 1:808505‑M1/72‑91 (MQ=255) aTACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGt < 1:3448050/91‑1 (MQ=255) tACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGtc > 1:1300492/1‑91 (MQ=255) cTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGtctc < 1:495627/91‑1 (MQ=255) attactatataaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAGGTTGAGATACGATTATGtctc > 1:1334687‑M1/68‑91 (MQ=255) ttactatattaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtttattcaatgctaaacaatAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCa > 1:3783533‑M1/67‑91 (MQ=255) tactatagaaatagtgtaacgtatttcgaaatttgtgatcataagtgtattcaatgctaaacaatAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCaa > 1:3906196‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaaaaGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCaa > 1:195960/1‑91 (MQ=255) aaaaaaGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCaa > 2:2041462/1‑91 (MQ=255) aaaaaGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAAc > 2:3114008/1‑91 (MQ=255) aaaaGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAAcc < 2:3553924/91‑1 (MQ=255) aaaaGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAAcc > 2:2202490/1‑91 (MQ=255) aaaGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCt < 1:2106335/91‑1 (MQ=255) gagaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTAt > 2:2323647/1‑91 (MQ=255) agaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTAtt > 1:2896589/1‑91 (MQ=255) gaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCCACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTg > 2:1240090/1‑91 (MQ=255) gaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTg > 1:3855270/1‑91 (MQ=255) gaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTg > 2:1582006/1‑91 (MQ=255) gaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTg < 1:2613615/91‑1 (MQ=255) gaTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTg < 1:2076202/91‑1 (MQ=255) aTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGt > 2:1872402/1‑91 (MQ=255) aTTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGt < 2:5826/91‑1 (MQ=255) cagcaCTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCAt < 2:3203543/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGaa < 1:2332200/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGaa < 1:1875073/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAAt < 2:2087205/91‑1 (MQ=255) tAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATa < 1:1470045/91‑1 (MQ=255) 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taatTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTa > 2:1284712/1‑91 (MQ=255) aaacaatAAGGTTGAGACATAATCGTATCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTa < 2:1734687‑M1/84‑1 (MQ=255) tttCAAGGCTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATAGTTTAGCATTGCATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTAttt > 2:1771637/1‑91 (MQ=255) ttCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTta > 2:2370222/1‑91 (MQ=255) cAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTtata > 2:1903240/1‑91 (MQ=255) AAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTtatat > 2:151225‑M1/1‑91 (MQ=255) | AGCAAGCTTCTGAAGTACAAGATACTAAAAAAGAGATTGTAGCAGCATTAAGAAAACTGAATGACTAGTGACGTCAACGTATAATAATTTCAAGGTTGAGATACGATTATGTCTCAACCTTATTGTTTAGCATTGAATAAACTTATGATCACAAATTTCGAAATACGTTACACTATTTATAT > USA300TCH1516_ALE/1435296‑1435477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |