| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1439024 | 187 (0.920) | 22 (0.120) | 11/146 | NT | 11.4% | intergenic (+22/+218) | lysA/USA300HOU_RS07135 | Diaminopimelate decarboxylase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1439047 | 170 (0.920) | intergenic (+45/+195) | lysA/USA300HOU_RS07135 | Diaminopimelate decarboxylase/hypothetical protein | |||||
TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1438928‑1439024‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tccccgaGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT < USA300TCH1516_ALE/1439047‑1438959 TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAAT > 2:1059186/1‑91TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAAT > 1:2535548/1‑91TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAAT > 1:685950/1‑91 AAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCC > 1:1601776/1‑91 AAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCC < 2:3329831/91‑1 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC < 2:2374479/91‑1 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 2:1643407/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 2:1315415/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 1:860768/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 1:3055440/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCC > 1:3055506/1‑91 AAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATACC > 2:300284/1‑91 ttttTGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCC > 2:3380337/5‑91 AAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCC > 1:83617/1‑91 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CGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGG < 1:2567796/91‑1 caaAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAAGATAGTAGTCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGG < 2:3934918/88‑1 CAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGA < 2:3077393/91‑1 AGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGT < 1:1103022/91‑1 AATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATA < 1:208792/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 2:753080/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 2:2736822/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 2:779953/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 2:1092355/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 1:3722967/1‑91 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG < 2:1092288/91‑1 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 1:3941412/1‑91 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTCGTTTATTTTTCTTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 2:3050633/1‑91 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTCGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 2:3050474/1‑91 TCCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTAGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTG > 2:3050451/1‑91 CCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGT > 2:2965277/1‑91 CCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGT > 1:1557469/1‑91 CCCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGT < 1:594671/91‑1 CCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTC < 1:1263818/91‑1 CCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTC < 2:1058329/91‑1 CCCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTC > 2:3049325/1‑91 CCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCG > 2:1027701/1‑91 CCGAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCG < 2:715759/91‑1 GAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT > 2:3197108/1‑91 GAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT < 2:3046695/91‑1 GAGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT > 2:2170094/1‑91 TTAAAAGATGGCAAAGCACGTGAAGTTATAAAGCGACAATCGTTAAGACAACTCATTATTAATGATACAAAATAAAAATAAACAAAGTAATCCCCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1438928‑1439024‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tccccgaGTCACAGTATAATTTTCTGTGCTTCGGGGATTACTTTGTTTATTTTTATTTTGTATCATTAATAATGAGTTGTCTTAACGATTGTCGCT < USA300TCH1516_ALE/1439047‑1438959 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |