| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1507967 = | 201 (0.990) | 20 (0.120) | 12/128 | NT | 12.6% | intergenic (‑392/+83) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1508010 = | 116 (0.710) | intergenic (‑435/+40) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGTAGAAATAGTCTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1508072‑1507967‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tagaaatagtctttttATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAATGGGATGAAATATATTTTCCTGAAACATGTAATTCATGTTCGTT > USA300TCH1516_ALE/1508010‑1508100 AATATATTTCATCCCATTTTTAAAATGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 2:617607/1‑91AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAATATTTTATGAAAAAGTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT < 2:3314883/91‑1AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 1:3714904/1‑91AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 1:2812199/1‑91AATATATTTCATCCCATTTTTAAAAAGTATAAGATTTTATGAAAAATTAAACCAATTAAGTATAAAAAGACTATTTCTATCGATACAAGGT > 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USA300TCH1516_ALE/1508010‑1508100 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |