| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1507967 = | 201 (0.990) | 20 (0.120) | 12/128 | NT | 12.6% | intergenic (‑392/+83) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1508010 = | 116 (0.710) | intergenic (‑435/+40) | ald1/ypcP | Alanine dehydrogenase 1/5'‑3' exonuclease | |||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
AAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1507878‑1508057 | aaaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTTGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaa > 2:3748953/1‑91 (MQ=255)aaaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaa > 1:2439183/1‑91 (MQ=255)aaaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaa < 1:1379506/91‑1 (MQ=255) aaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaaa < 1:546398/91‑1 (MQ=255) aaTATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCaaa < 2:186726/91‑1 (MQ=255) aacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataaaa > 2:3174201‑M1/88‑91 (MQ=255) aacatgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtataaaa > 2:1283248‑M1/88‑91 (MQ=255) taATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGa < 1:3322615/91‑1 (MQ=255) atgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGa > 1:711126‑M1/85‑91 (MQ=255) tgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGAc > 2:2059094‑M1/84‑91 (MQ=255) tgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGAc < 1:2576345‑M1/8‑1 (MQ=255) tgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGAc < 2:1896094‑M1/8‑1 (MQ=255) tgaattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGAc < 2:3867616‑M1/8‑1 (MQ=255) aaTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGAc < 2:465583/91‑1 (MQ=255) aaTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGAc > 1:1286817/1‑91 (MQ=255) gaattacatgtttcaggaaaatatatttcaaaaaaaaaataaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACt > 2:2788590‑M1/83‑91 (MQ=255) aTTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACt > 1:2320091/1‑91 (MQ=255) aattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTa < 1:3753094‑M1/10‑1 (MQ=255) aattacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTa > 1:741915‑M1/82‑91 (MQ=255) tCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTAt < 1:1739695/91‑1 (MQ=255) attacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtatgagattttatgaaaaattaaaccaattaagaatAAAAAGACTAt > 2:3044935‑M1/81‑91 (MQ=255) attacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTAt < 1:1899438‑M1/11‑1 (MQ=255) attacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTAt < 2:3279920‑M1/11‑1 (MQ=255) ttacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTAtt < 2:2679894‑M1/12‑1 (MQ=255) ttacatgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTAtt < 1:909382‑M1/12‑1 (MQ=255) tttATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTAttt > 2:3100080/1‑91 (MQ=255) ttATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTc > 1:3822460/1‑91 (MQ=255) tataCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCt < 1:2184438/91‑1 (MQ=255) atgtttcaggaaaatatatttcatcccatttttattaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTa < 2:1557471‑M1/16‑1 (MQ=255) taCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAc > 1:1103350/1‑91 (MQ=255) aCTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTAcc > 2:5234/1‑91 (MQ=255) aaaatatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgcaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCg > 1:3945734‑M1/66‑91 (MQ=255) tAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATa > 1:1625802/1‑91 (MQ=255) atatatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATa > 2:1433113‑M1/63‑91 (MQ=255) atatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGa > 2:1522629‑M1/61‑91 (MQ=255) tatttcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa > 2:1780610‑M1/60‑91 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa < 1:3282983/91‑1 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa < 2:3542688/91‑1 (MQ=255) tCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaa > 1:2503447/1‑91 (MQ=255) cAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaaa > 2:586958/1‑91 (MQ=255) atttcatcccattgttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGaaa > 1:2751918‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaTATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAAt < 1:3473260/91‑1 (MQ=255) tcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg > 1:2119295‑M1/56‑91 (MQ=255) tcatcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg > 2:3237290‑M1/56‑91 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg < 1:963736/91‑1 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg < 1:2250660/91‑1 (MQ=255) atatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAg > 1:1004181/1‑91 (MQ=255) tatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGt < 1:325986/91‑1 (MQ=255) tatGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGt < 1:422347/91‑1 (MQ=255) catcccatttttaaaaagtataagattttatgaaaaattaaaccaattaagtatAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGt > 1:3623042‑M1/55‑91 (MQ=255) atGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTc > 1:3181301/1‑91 (MQ=255) tGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCt < 2:3625966/91‑1 (MQ=255) gTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTCTCGATAGAAATAGTCtt > 2:2409942/1‑91 (MQ=255) tctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTGCCTTGTATCGATCGAAATAGTCttttt > 2:3842458/1‑91 (MQ=255) tctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCttttt < 1:1338261/91‑1 (MQ=255) ctatcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTta > 2:2591048/1‑91 (MQ=255) tcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATAc < 1:2074597/91‑1 (MQ=255) tcAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTCTTTATAc > 2:3516688/1‑91 (MQ=255) aaaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGC‑AAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTaa > 2:2975307/1‑91 (MQ=255) aaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTaa > 2:3360350/1‑91 (MQ=255) aaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTaa > 2:688455/1‑91 (MQ=255) aaTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTaa < 1:872870/91‑1 (MQ=255) aTTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAAt > 2:2506441/1‑91 (MQ=255) tCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTg < 2:3421582/91‑1 (MQ=255) cGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTgg > 1:3906764/1‑91 (MQ=255) cGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTgg < 2:391482/91‑1 (MQ=255) ggCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGt > 1:2539370/1‑91 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt < 1:1355530/91‑1 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt > 2:2312776/1‑91 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt < 1:1961822/91‑1 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt < 1:2239352/91‑1 (MQ=255) gCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGtt < 2:1229437/91‑1 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt < 1:1789490/91‑1 (MQ=255) cTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGttt > 1:2687968/1‑91 (MQ=255) ttatttatTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTa > 1:1200853/1‑91 (MQ=255) tttattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAtt < 1:2840946/91‑1 (MQ=255) tattCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAAtttt < 2:779611/91‑1 (MQ=255) ctctGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATaa > 1:1214931/1‑91 (MQ=255) ctGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATaaaa > 1:3539274/1‑91 (MQ=255) gACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTCTATCGATAGAAATTGTCTTTTTATACTAAATTGGTTTAATTTTTCATGAAATc > 1:3683795/1‑91 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 2:2890231/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt < 2:808740/91‑1 (MQ=255) aCATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCt > 1:627276/1‑91 (MQ=255) cATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCtt > 2:3695506/1‑91 (MQ=255) tatCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTtat > 2:1076357/1‑91 (MQ=255) atCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTtata > 1:2924643/1‑91 (MQ=255) tgcAAATACCCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATGGATAGTAATAGTTCTCTTTTAATGCATTGTTTTCATTTTCTATAAATTCTtataa > 2:3631387/3‑90 (MQ=255) tCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATAc > 1:91380/1‑91 (MQ=255) tCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATAc > 2:2183801/1‑91 (MQ=255) tCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATAc > 2:1103820/1‑91 (MQ=255) ccAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACt < 2:2543101/91‑1 (MQ=255) cAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACtt < 1:3633078/91‑1 (MQ=255) aTACGCATAAAGTCTATTTCTACCTTTTATCGTGAGAGATAGTCTTTTTAAACCTACTTGGATTAATTGTTCATATAATCTTATACttttt < 2:2650005/91‑1 (MQ=255) aCGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTaa > 1:3074493/1‑91 (MQ=255) cGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTaaa > 1:3271301/1‑91 (MQ=255) gCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATTTTATACTTTTTtaaa < 1:143808/91‑1 (MQ=255) gCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTaaaa > 1:1323633/1‑91 (MQ=255) AAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTACTTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAt < 2:2462137‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAt > 1:2290969‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAt > 2:2102419‑M1/1‑91 (MQ=255) | AAATATAATTCTTTATACTCTATTGATTAATCAAATATGTATCTATCAAAATTCGGCTTATTTATTCACTCTGACATATCCAAATACGCAAAAAGACTATTTCTACCTTGTATCGATAGAAATAGTCTTTTTATACTTAATTGGTTTAATTTTTCATAAAATCTTATACTTTTTAAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1507878‑1508057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |