| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1523558 = | 198 (0.970) | 26 (0.140) | 14/150 | NT | 12.5% | intergenic (‑251/+77) | dnaD/asnS | DNA replication protein DnaD/Asparagine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1523591 = | 180 (0.940) | intergenic (‑284/+44) | dnaD/asnS | DNA replication protein DnaD/Asparagine‑‑tRNA ligase | |||||
AACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1523652‑1523558‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTC > USA300TCH1516_ALE/1523591‑1523679 AACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGACTCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGC > 2:1043002/1‑91AACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGC > 1:1894921/1‑91AACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGC < 2:1136661/91‑1AACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGC < 2:3137357/91‑1 ACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCG < 2:191731/91‑1 ACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCG > 2:2447224/1‑91 ACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCG > 2:3318651/1‑91 ACCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCG > 2:3318556/1‑91 CCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 1:3355759/91‑1 CCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 2:1122371/91‑1 CCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 2:2533220/91‑1 CCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 1:3099331/91‑1 CCGTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTAAGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 2:3336467/91‑1 CCGTTTATATCCATAAGTGTTATGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 1:1065106/91‑1 CCGTTTATAGCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGA < 2:1077424/91‑1 CGTTTCTATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGAT < 2:3636896/91‑1 GTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATT > 2:1264737/1‑91 GTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATT < 1:40985/91‑1 GTTTATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATT > 1:364409/1‑91 TATATCCATAAGTTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTT > 1:592869/1‑91 TATCCATAAATTTTAGGGTCGTTACTTAAAATATATATTATGATAATAAAAAGAATCATCCAGCCCATATTAATAGCTGTGCGATTCTTTT > 1:1973309/1‑91 ATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGA > 1:839281/1‑91 ATATATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGA > 1:839410/1‑91 ATATTATGATAATAAAAAGAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTATTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCtt > 2:684360/1‑89 GAATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGAGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAA > 2:1229674/1‑91 AATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAAC > 1:297816/1‑91 AATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAAC > 1:297660/1‑91 ATCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACG > 2:2823042/1‑91 TCGTCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGG > 1:282867/1‑91 TCCAGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTT > 1:1550363/1‑91 AGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAAT > 1:3113602/1‑91 AGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAAT > 1:3405979/1‑91 AGCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAAT > 1:3695076/1‑91 GCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATA > 2:3059306/1‑91 GCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATA > 1:764363/1‑91 GCCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATA > 1:3011486/1‑91 CCTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAA > 1:919007/1‑91 cgATATTCATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATCTATAATTTACGTTACGTGCCTAAAACTTATGGATATAAACAGTTTAATAAa > 2:1205012/3‑90 CTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATCTATATTTTCAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTCTAATAAT > 2:1640248/1‑91 CTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAAT > 1:2168959/1‑91 CTATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAAT > 2:2284429/1‑91 TATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATC > 2:2685425/1‑91 ATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATACACGGTTTAATAATCT > 2:1925520/1‑91 ATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCT > 2:2695824/1‑91 ATATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGCAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCT > 2:3486761/1‑91 TATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTT > 2:1843854/1‑91 TATTAATAGCTGGGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTT > 2:1004799/1‑91 GGCGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCT > 1:689509/1‑91 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT < 1:2494530/91‑1 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT < 2:3147054/91‑1 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT < 1:968765/91‑1 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT > 1:1688617/1‑91 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT < 2:219745/91‑1 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT < 1:408637/91‑1 CGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGT < 1:966689/91‑1 ATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTT < 2:2229266/91‑1 ATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTT < 1:3016244/91‑1 ATTCTGTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTT < 2:3202959/91‑1 TTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTC > 1:3274093/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |