| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1523558 = | 198 (0.970) | 26 (0.140) | 14/150 | NT | 12.5% | intergenic (‑251/+77) | dnaD/asnS | DNA replication protein DnaD/Asparagine‑‑tRNA ligase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1523591 = | 180 (0.940) | intergenic (‑284/+44) | dnaD/asnS | DNA replication protein DnaD/Asparagine‑‑tRNA ligase | |||||
Only 100 of 270 total aligned reads displayed.
ATGAACTATTTATTTTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAAC > USA300TCH1516_ALE/1523468‑1523648 | aTGAACTATTTATTTTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATaa > 2:1168398/1‑91 (MQ=255) gaaacagcgccattcccaagattattaaactgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagaa > 2:951893‑M1/90‑91 (MQ=255) gaaacagcgccattcccaagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagaa > 2:327877‑M1/90‑91 (MQ=255) gaaacagcgccattcccaagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagaa < 2:1560241‑M1/2‑1 (MQ=255) gAACTATTTATTTTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAAt < 1:627117/91‑1 (MQ=255) aaacagcgccattcccaagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaacagAAt < 2:3202959‑M1/3‑1 (MQ=255) acagcgccattcccaagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCg < 1:408637‑M1/5‑1 (MQ=255) acagcgccattcccaagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCg < 2:219745‑M1/5‑1 (MQ=255) acagcgccattcccaagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCg < 1:966689‑M1/5‑1 (MQ=255) aCTATTTATTTTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCg > 1:3845786/1‑91 (MQ=255) aCTATTTATTTTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCg > 1:951252/1‑91 (MQ=255) aCTATTTATTTTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCg < 1:131253/91‑1 (MQ=255) atttatttTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAAGCGccc < 2:3100272/91‑1 (MQ=255) tttatttTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCa < 1:2282519/91‑1 (MQ=255) atttTCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCt > 2:812079/1‑91 (MQ=255) ttCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTAtt > 1:1521300/1‑91 (MQ=255) tCCAAATATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTa < 2:1279938/91‑1 (MQ=255) aagattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAata > 2:1843854‑M1/73‑91 (MQ=255) aaaTATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCAGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAata < 1:3139976/91‑1 (MQ=255) agattattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAatat > 2:2695824‑M1/72‑91 (MQ=255) agattattaaaccgtgtatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAatat > 2:1925520‑M1/72‑91 (MQ=255) aaTATAGTTACTAAACACGAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCAGTTAGCAATCTTCATTTTCCTAGTATAAATCGCCCAGCGATTAatat < 2:1045650/91‑1 (MQ=255) aaTATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAatat > 2:2130503/1‑91 (MQ=255) aaTATAGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAatat < 2:2865887/91‑1 (MQ=255) tataGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAg < 2:761264/91‑1 (MQ=255) attattaaaccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAATATAg > 1:2168959‑M1/70‑91 (MQ=255) taGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGc < 1:507324/91‑1 (MQ=255) taGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGc > 2:397225/1‑91 (MQ=255) taGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGc < 1:2644970/91‑1 (MQ=255) taGTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGc > 2:163553/1‑91 (MQ=255) gTTACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTg > 1:2069763/1‑91 (MQ=255) gTTACTAAACAAAAGTTTGCTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTg > 2:3458973/1‑91 (MQ=255) ttACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTgg < 2:3093840/91‑1 (MQ=255) tACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGa < 1:2671763/91‑1 (MQ=255) tACTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGa < 1:934253/91‑1 (MQ=255) aCTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGAc < 1:3527341/91‑1 (MQ=255) cTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACg > 1:3794501/1‑91 (MQ=255) cTAAACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACg > 2:3900528/1‑91 (MQ=255) ccgtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGa > 1:282867‑M1/61‑91 (MQ=255) aaaCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGAt > 1:343631/1‑91 (MQ=255) aaaCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGAt < 1:122183/91‑1 (MQ=255) gtttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGAtt > 1:297660‑M1/59‑91 (MQ=255) aaCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGAtt < 1:1880450/91‑1 (MQ=255) tttatatccataagttttagggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCTCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTc > 2:1229674‑M1/58‑91 (MQ=255) aCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTc > 2:2248526/1‑91 (MQ=255) aCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTc < 2:3742693/91‑1 (MQ=255) aCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTc < 2:3742650/91‑1 (MQ=255) cAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCt > 2:2485075/1‑91 (MQ=255) aaaaGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCtt < 2:1694266/91‑1 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATACATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCttttct > 2:1367451/1‑89 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTtta < 1:2908032/91‑1 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTtta > 2:2549497/1‑91 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTtta > 2:2653399/1‑91 (MQ=255) ttGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTttatt > 2:1349238/1‑91 (MQ=255) tGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTttatta > 2:2494915/1‑91 (MQ=255) gTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTtattat > 1:33871/1‑91 (MQ=255) gTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTtattat > 2:1600559/1‑91 (MQ=255) tCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCa > 1:2701366/1‑91 (MQ=255) tCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCa > 1:3710549/1‑91 (MQ=255) cATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATCAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATGat > 2:3638417/1‑91 (MQ=255) tGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCataa < 1:3132245/91‑1 (MQ=255) tGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCataa < 1:2543187/91‑1 (MQ=255) ttAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGACCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatat < 2:3550299/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatata < 2:903834/91‑1 (MQ=255) aaTATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatatat > 1:2564826/1‑91 (MQ=255) tcgttacttaaaatatatattatgataataaaaagAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatatatat > 1:839410‑M1/36‑91 (MQ=255) ataAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAtt > 1:3280051/1‑91 (MQ=255) ataAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAtt < 1:1740280/91‑1 (MQ=255) taAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAttt < 2:3106803/91‑1 (MQ=255) taAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAttt > 1:462321/1‑91 (MQ=255) gTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTa < 1:2475077/91‑1 (MQ=255) tCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGa > 1:1139455/1‑91 (MQ=255) tCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGa > 1:3086220/1‑91 (MQ=255) aaTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGAcc < 2:878026/91‑1 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGAccc > 1:1686058/1‑91 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGAccc < 1:2360531/91‑1 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGAccc < 1:2995569/91‑1 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCCGGACGATCCTTTTTCTTATCATAATATATGTTTCACGCAACGAccc > 2:1645496/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |