New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1523558 = | 198 (0.970) | 26 (0.140) | 14/150 | NT | 12.5% | intergenic (‑251/+77) | dnaD/asnS | DNA replication protein DnaD/Asparagine‑‑tRNA ligase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1523591 = | 180 (0.940) | intergenic (‑284/+44) | dnaD/asnS | DNA replication protein DnaD/Asparagine‑‑tRNA ligase |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
ACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTCAC > USA300TCH1516_ALE/1523501‑1523681 | aCAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTc < 2:3742650/91‑1 (MQ=255) cAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCt > 1:1022917/1‑91 (MQ=255) aaaaGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCtt > 2:1311416/1‑91 (MQ=255) aaaaGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCtt < 2:1694266/91‑1 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATACATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCttttct > 2:1367451/1‑89 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTtta < 1:2908032/91‑1 (MQ=255) gTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTtta > 2:2653399/1‑91 (MQ=255) ttGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTttatt < 1:1902167/91‑1 (MQ=255) tGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTttatta > 2:2494915/1‑91 (MQ=255) gTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTtattat > 1:33871/1‑91 (MQ=255) tGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCataa > 1:2826709/1‑91 (MQ=255) tGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCataa < 1:3132245/91‑1 (MQ=255) tGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCataa < 1:2543187/91‑1 (MQ=255) aTTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCataata < 2:3527658/91‑1 (MQ=255) ttAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGACCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatat < 2:3550299/91‑1 (MQ=255) aaggtcgttacttaaaatatatattatgataataaaaatAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatat > 2:684360‑M1/40‑91 (MQ=255) tAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatata < 1:1398129/91‑1 (MQ=255) tAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAatata < 1:2164806/91‑1 (MQ=255) ataAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAtt < 1:1740280/91‑1 (MQ=255) taAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAttt > 1:462321/1‑91 (MQ=255) ccGCTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAg < 1:3552661/91‑1 (MQ=255) cGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGt > 1:375869/1‑91 (MQ=255) gTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTa < 1:2475077/91‑1 (MQ=255) ttATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTaa < 1:2457702/91‑1 (MQ=255) tATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAAc < 2:3441518/91‑1 (MQ=255) tCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGa > 1:3086220/1‑91 (MQ=255) atatatattatgataataaaaagaatcgtccagcctatattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGa > 1:839410‑M2/57‑91 (MQ=255) atatatattatgataataaaaagaatcgtccagcctatattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGa > 1:839281‑M2/57‑91 (MQ=255) aaTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACgtcc > 2:446067/1‑88 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGAccc < 1:2995569/91‑1 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGAccc < 1:2360259/91‑1 (MQ=255) aTCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCCGGACGATCCTTTTTCTTATCATAATATATGTTTCACGCAACGAccc > 2:1645496/1‑91 (MQ=255) tCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCt < 1:938536/91‑1 (MQ=255) tCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCt < 1:3209814/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTaa < 2:1627156/91‑1 (MQ=255) ttCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTaa > 1:57380/1‑91 (MQ=255) tCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTaaa > 1:2777066/1‑91 (MQ=255) tCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTaaa < 2:2779113/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTaaaa > 1:1484169/1‑91 (MQ=255) aTTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAAc < 1:1184345/91‑1 (MQ=255) ttttCCACGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACt < 1:1966534/91‑1 (MQ=255) ttttCCACGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACt < 1:1965420/91‑1 (MQ=255) ttttCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACt < 2:931328/91‑1 (MQ=255) ttttCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACt < 2:752956/91‑1 (MQ=255) ttCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTa > 2:297047/1‑91 (MQ=255) ttCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTa > 1:2097770/1‑91 (MQ=255) cAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATgg > 1:792503/1‑91 (MQ=255) aaGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGa < 2:1972870/91‑1 (MQ=255) aaTAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGatat > 2:825362/1‑91 (MQ=255) aTAAATCGCTCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGAtata > 1:1982513/1‑91 (MQ=255) aTAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGAATCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGAtata > 1:178647/1‑91 (MQ=255) gaatcgtccagcctatattaatagctgggagattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATaaa > 2:1229674‑M2/35‑91 (MQ=255) aaaTCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATaaa < 1:1020287/91‑1 (MQ=255) aatcgtccagcctatattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAAc > 1:297660‑M2/34‑91 (MQ=255) AATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAAc < 1:40985‑M1/91‑1 (MQ=255) AATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAAc > 1:364409‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATAGAAACg < 2:3636896‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCTTAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACgg < 2:3336467‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACgg < 2:2533220‑M1/91‑1 (MQ=255) TCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACgg < 2:1122371‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGt < 2:191731‑M1/91‑1 (MQ=255) CGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGt > 2:2447224‑M1/1‑91 (MQ=255) GCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGtt < 2:3137357‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGAGTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGtt > 2:1043002‑M1/1‑91 (MQ=255) ccAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTta < 2:2579057/91‑1 (MQ=255) cAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATGTAAACGGTTtaa < 2:1040947/91‑1 (MQ=255) agcctatattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTtaat > 1:3695076‑M2/26‑91 (MQ=255) aGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTtaat < 2:890542/91‑1 (MQ=255) gcctatattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTtaata > 2:3059306‑M2/25‑91 (MQ=255) gCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTtaata < 1:1114779/91‑1 (MQ=255) tATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTaataat > 1:986650/1‑91 (MQ=255) ctatattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTaataat > 2:2284429‑M2/23‑91 (MQ=255) aTTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATc < 1:1601931/91‑1 (MQ=255) ttAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCt > 1:3574641/1‑91 (MQ=255) ttAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCt < 1:3104539/91‑1 (MQ=255) tattaatagctgggcgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCtt > 2:1843854‑M2/20‑91 (MQ=255) tAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCtt > 2:3387638/1‑91 (MQ=255) aaTATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTg < 2:1063897/91‑1 (MQ=255) aGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAAt < 1:961333/91‑1 (MQ=255) aGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAAt < 1:3903091/91‑1 (MQ=255) ggCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATg < 1:2054616/91‑1 (MQ=255) ggCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATg < 1:3815955/91‑1 (MQ=255) ggCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATg < 1:671768/91‑1 (MQ=255) gCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATgg < 1:2198814/91‑1 (MQ=255) cTGGATGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGgc < 2:3645670/91‑1 (MQ=255) cTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATAGTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGgc < 2:3831796/91‑1 (MQ=255) cTGGACGATTCTTTCTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGgc > 2:3357034/1‑91 (MQ=255) tGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGgcg < 1:334896/91‑1 (MQ=255) tGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGgcg > 1:2674990/1‑91 (MQ=255) gACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAATACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCt < 2:1166049/91‑1 (MQ=255) aCGATTCTTTTTATTATAATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTg < 2:2875260/91‑1 (MQ=255) cgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGt > 1:1688617‑M2/6‑91 (MQ=255) cgattCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGt < 2:219745‑M2/86‑1 (MQ=255) ttCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTc > 1:3274093‑M2/3‑91 (MQ=255) ttCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTc > 2:327877‑M2/3‑91 (MQ=255) ttCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTc < 2:2147062‑M2/89‑1 (MQ=255) ttCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTc < 2:1560241‑M2/89‑1 (MQ=255) cTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTCAc < 1:470960/91‑1 (MQ=255) cTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTCAc < 1:1302024/91‑1 (MQ=255) cTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTCAc > 1:2614062/1‑91 (MQ=255) | ACAAAAGTTTGTTCATGATTAATATAAGCCGTTATCAATCTTCATTTTCCAAGAATAAATCGCCCAGCTATTAATATAGGCTGGACGATTCTTTTTATTATCATAATATATATTTTAAGTAACGACCCTAAAACTTATGGATATAAACGGTTTAATAATCTTGGGAATGGCGCTGTTTCAC > USA300TCH1516_ALE/1523501‑1523681 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |