| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601454 | NA (NA) | 11 (0.060) | 8/146 | NT | 100% | coding (139/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601498 | 0 (0.000) | coding (95/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein | |||||
TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGacagtta‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1601365‑1601454‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACAGTTACCAAGCTGACAAGGTAGGACTTGCCAGTGATAACTGTCAACAAATAGCAAATAACTATAAGCACTATGGATTTTAAGATGGATAAGGACT < USA300TCH1516_ALE/1601498‑1601402 TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA < 1:2732813/91‑1TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA < 2:131695/91‑1TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA < 2:131725/91‑1TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA < 2:3224433/91‑1TTTCGACATTAACGTTAAAGGTGAAAAGAATAACGATAGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGA > 2:3012454/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |