| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601454 | NA (NA) | 11 (0.060) | 8/146 | NT | 100% | coding (139/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601498 | 0 (0.000) | coding (95/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein | |||||
AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTT > USA300TCH1516_ALE/1601402‑1601542 | aGTCTTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:3293622‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATCGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 2:2158804‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:1472851‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 2:3659563‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT < 1:693712‑M2/91‑1 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:2299594‑M2/1‑91 (MQ=255)aGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGT > 1:2300496‑M2/1‑91 (MQ=255) gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA > 2:858883‑M2/1‑91 (MQ=255) gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA > 2:858820‑M2/1‑91 (MQ=255) gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA > 1:601846‑M2/1‑91 (MQ=255) gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA > 1:3600367‑M2/1‑91 (MQ=255) gTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTA < 1:29704‑M2/91‑1 (MQ=255) tCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTAGTAA < 1:3293088‑M2/91‑1 (MQ=255) tCCTTATCCATCTTAAAATCCACAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAA < 2:528273‑M2/91‑1 (MQ=255) tCCTTATCCATCCTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAA < 1:3041489‑M2/91‑1 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC < 1:1419632‑M2/91‑1 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC > 2:3738432‑M2/1‑91 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC < 1:157704‑M2/91‑1 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC < 2:1513278‑M2/91‑1 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC < 1:1710565‑M2/91‑1 (MQ=255) ccTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAAC > 1:373312‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT > 1:1703793‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT < 1:1496972‑M2/91‑1 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT > 1:229679‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT < 2:3868765‑M2/91‑1 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT < 2:3868599‑M2/91‑1 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT > 2:3787642‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT < 2:2846723‑M2/91‑1 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT < 2:2943640‑M2/91‑1 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACT > 1:3719238‑M2/1‑91 (MQ=255) cTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCATGTCAGCTTGGTAACT < 2:3049238‑M2/91‑1 (MQ=255) ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG < 1:962718‑M2/91‑1 (MQ=255) ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG > 2:612044‑M2/1‑91 (MQ=255) ttATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTG < 1:961005‑M2/91‑1 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTCACTGT < 2:1228094‑M2/91‑1 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:586342‑M2/1‑91 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:2099711‑M2/1‑91 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:1689380‑M2/91‑1 (MQ=255) tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:3243479‑M2/91‑1 (MQ=255) ttgACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatgg < 2:2630733‑M2/91‑45 (MQ=255) | AGTCCTTATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTT > USA300TCH1516_ALE/1601402‑1601542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |