| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601454 | NA (NA) | 11 (0.060) | 8/146 | NT | 100% | coding (139/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1601498 | 0 (0.000) | coding (95/177 nt) | USA300TCH1516_01480 | hypothetical protein | |||||
TATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTTTCTTCGT > USA300TCH1516_ALE/1601408‑1601588 | tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTCACTGT < 2:1228094‑M2/91‑1 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:586342‑M2/1‑91 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:3243479‑M2/91‑1 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT < 1:1689380‑M2/91‑1 (MQ=255)tATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGT > 1:2099711‑M2/1‑91 (MQ=255) ttgACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatgg < 2:2630733‑M2/91‑45 (MQ=255) 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aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 2:1219855‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 2:1220164‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc > 1:1866922‑M2/1‑5 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc > 1:1867369‑M2/1‑5 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 1:2024241‑M2/91‑87 (MQ=255) aCTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtc < 1:2609335‑M2/91‑87 (MQ=255) cTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcg > 2:3494619‑M2/1‑4 (MQ=255) cTGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcg > 2:1436039‑M2/1‑4 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcga > 1:1368789‑M2/1‑3 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcga < 1:149624‑M2/91‑89 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcga < 1:2849354‑M2/91‑89 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcga < 1:2898142‑M2/91‑89 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcga > 2:1313344‑M2/1‑3 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcga > 2:1311004‑M2/1‑3 (MQ=255) tGTcaacaaatagcaaataactacaagcaatatggaatttaagatggataaggactatcgatattcttttcacctttaacgttaatgtcga < 2:3446011‑M2/91‑89 (MQ=255) gTcaacgaagagcacatatctataagcgctgtggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaa > 2:525469‑M2/1‑2 (MQ=255) gTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaa < 2:2599573‑M2/91‑90 (MQ=255) gTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaa < 1:915061‑M2/91‑90 (MQ=255) gTcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaa < 1:915392‑M2/91‑90 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa > 2:3012454‑M2/1‑1 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa < 1:2732813‑M2/91‑91 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa < 2:3224433‑M2/91‑91 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa < 2:131725‑M2/91‑91 (MQ=255) tcaacaaatagcaaataactataagcactatggattttaagatggataaggactatcgttattcttttcacctttaacgttaatgtcgaaa < 2:131695‑M2/91‑91 (MQ=255) | TATCCATCTTAAAATCCATAGTGCTTATAGTTATTTGCTATTTGTTGACAGTTATCACTGGCAAGTCCTACCTTGTCAGCTTGGTAACTGTATTGATTATTTACTTCATTTACTAATCGATTCCATTCGTCTCTTGGTATATCTTCAAGAAGTAAGAGAATCATCTTTAATTTTTCTTCGT > USA300TCH1516_ALE/1601408‑1601588 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |