New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1608653 | 150 (0.740) | 7 (0.040) | 5/142 | NT | 5.0% | coding (224/930 nt) | USA300HOU_RS07970 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1608670 | NA (NA) | coding (207/930 nt) | USA300HOU_RS07970 | hypothetical protein |
TGCCATGATCTTCACAATGCACATAAACTTCTACACCATCATCTTTACCTACAACATTTGTAGCTTTAACTTTTAGTCCAAAGTTATCTTTAAAGAATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1608555‑1608653 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaagaattTGAAAAAGTAGGTGAACAATTCTTTAAAGATAACTTTGGACTAAAAGTTAAAGCTACAAATGTTGTAGGTAAAGATGATGGTGTAGAAGT < USA300TCH1516_ALE/1608670‑1608581 TGCCATGATCTTCACAATGCACATAAACTTCTACACCATCATCTTTACCTACAACATTTGTAGCTTTAACTTTTAGTCCAAAGTTATCTTT < 1:115730/91‑1 GCCATGATCTTCACAATGCACATAAACTTCTACACCATCATCTTTACCTACAACATTTGTAGCTTTAACTTTTAGTCCAAAGTTATCTTTA < 1:2923508/91‑1 CCATGATCTTCACAATGCACATAAACTTCTACACCATCATCTTTACCTACAACATTTGTAGCTTTAACTTTTAGTCCAAAGTTATCTTTAA < 1:753984/91‑1 CCATGATCTTCACAATGCACATAAACTTCTACACCATCATCTTTACCTACAACATTTGTAGCTTTAACTTTTAGTCCAAAGTTATCTTTAA < 1:1363806/91‑1 CCATGATCTTCACAATGCACATAAACTTCTACACCATCATCTTTACCTACAACATTTGTAGCTTTAACTTTTAGTCCAAAGTTATCTTTAA > 1:1418432/1‑91 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |