| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660020 = | 232 (1.140) | 25 (0.140) | 9/138 | NT | 11.9% | coding (1289/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1660066 = | 172 (0.980) | coding (1243/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP | |||||
AATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1660120‑1660020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggacttagaatTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCAT > USA300TCH1516_ALE/1660066‑1660155 AATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAG > 2:1394716/1‑91AATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAG > 1:1989366/1‑91 ATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGG > 2:1831478/1‑91 TTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGA > 2:1327693/1‑91 TTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGA > 2:1328108/1‑91 TATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGAC < 2:1728667/91‑1 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 2:2154597/91‑1 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT > 1:2865277/1‑91 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT > 2:2140830/1‑91 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 2:2739984/91‑1 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 2:2154231/91‑1 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 1:964990/91‑1 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 1:964804/91‑1 ATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTAATATCAATTCTAAGTCTGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT > 2:498386/1‑91 ATGCCGATGATCAAACATATGATTTGAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAGGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACT < 2:3565656/91‑1 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT < 1:228835/91‑1 TGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTT < 1:2746939/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 1:80024/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 2:3420496/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 1:80088/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 2:3167626/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 1:3173129/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 2:1277953/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA > 2:130387/1‑91 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA > 1:1663787/1‑91 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA > 2:138760/1‑91 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 2:854393/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA < 1:1318186/91‑1 GCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTA > 2:1554928/1‑91 CCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAG < 1:2106221/91‑1 CCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAG < 1:1566819/91‑1 CCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAG < 2:351724/91‑1 CCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAG > 1:3890409/1‑91 CGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGA < 1:219848/91‑1 GATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAA > 2:2211634/1‑91 ATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAAT < 1:1519005/91‑1 TTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATC > 1:3535522/1‑91 AAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCA > 1:810505/1‑91 AGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCAT > 2:3736259/1‑91 CCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAAT > 1:3905695/1‑91 CCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAAT > 2:762028/1‑91 CCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAAT > 1:1483994/1‑91 CGAAGGTATGACAGCATGGGAGCGAGGACTTAGAATCGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATACTT > 2:625687/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 2:3738359/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:3306241/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:3306235/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:31906/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:3101917/1‑91 CGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATT > 1:3094755/1‑91 GAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGCCTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATGTGTTTGCTCATCGGCATAATTT > 2:1313957/1‑91 GAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTT > 2:2458403/1‑91 GAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTT > 1:2649005/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTCGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:3424834/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTACATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:2189909/1‑91 AAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTT > 1:2191299/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTT > 2:1057029/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTT > 1:705837/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTT > 2:1842174/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTT > 2:1842201/1‑91 AGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTT > 1:1132408/1‑91 ATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTT > 1:1200744/1‑91 GACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATAT > 2:2822422/1‑91 ACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATT < 1:2315090/91‑1 CTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTT < 2:2505956/91‑1 CTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTT < 1:3391666/91‑1 CTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTT < 1:3391656/91‑1 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG < 2:2282254/91‑1 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG < 1:90661/91‑1 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG < 1:839001/91‑1 TAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTG > 1:2668747/1‑91 AGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGA < 2:1197378/91‑1 AGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGA < 1:1839198/91‑1 AATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGC < 1:133438/91‑1 ATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCA > 2:3701320/1‑91 ATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCA > 2:3703407/1‑91 TTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCAT > 2:1707745/1‑91 TTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCAT > 1:3605361/1‑91 AATTATGCCGATGATCAAACATATTATTTAAGTGGTATGATTATGGCTACTATCAATTCTAAGTCCGAAGGTATGACAGAATGGGAGCGAGGACTTAGAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1660120‑1660020‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggacttagaatTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCAT > USA300TCH1516_ALE/1660066‑1660155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |