| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660020 = | 232 (1.140) | 25 (0.140) | 9/138 | NT | 11.9% | coding (1289/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1660066 = | 172 (0.980) | coding (1243/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP | |||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TTACGCACATATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCAT > USA300TCH1516_ALE/1659930‑1660110 | atgctcaaaatattgtgaagcagacaataaataaaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaa > 1:3605361‑M1/91‑91 (MQ=255) gctcaaaatattgtgaagcagacaataaataaaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaAtt < 1:133438‑M1/3‑1 (MQ=255) aCGCACATATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAATAtt > 1:1747534/1‑91 (MQ=255) tcaaaatattgtgaagcagacaataaataaaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCt < 2:1197378‑M1/5‑1 (MQ=255) gCACATATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCt < 1:109615/91‑1 (MQ=255) gCACATATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCt > 1:2861006/1‑91 (MQ=255) gCACATATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCt < 2:519781/91‑1 (MQ=255) cacaTATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTa > 2:173747/1‑91 (MQ=255) caaaatattgtgaagcagacaataaataaaaattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTa < 2:2282254‑M1/6‑1 (MQ=255) caTATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAg > 1:58348/1‑91 (MQ=255) caTATTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAg < 1:3415694/91‑1 (MQ=255) atatTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGt < 1:2241812/91‑1 (MQ=255) atatTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGt < 1:2325312/91‑1 (MQ=255) atTTTAATGCTTTTTCATCATCATTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAATTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTcc > 2:3485677/1‑91 (MQ=255) 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atcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTc < 2:771447/91‑1 (MQ=255) atcatcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTc < 1:1847455/91‑1 (MQ=255) catcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCAt > 2:1839198/1‑91 (MQ=255) catcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCAt > 1:129275/1‑91 (MQ=255) catcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCAt < 2:600337/91‑1 (MQ=255) atcatTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATa > 1:3195166/1‑91 (MQ=255) catTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATAcc > 2:3296108/1‑91 (MQ=255) atTTAATGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCt < 2:1566247/91‑1 (MQ=255) 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aattatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCg > 1:3101917‑M1/56‑91 (MQ=255) aagtatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcgATTCTAAGTCCTCGCTCCCATGCTGTCATACCTTCg > 2:625687‑M1/56‑91 (MQ=255) attatgccgatgatcaaacatattatttaagtggtatgattatggctactatcaATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCgg > 2:762028‑M1/55‑91 (MQ=255) aaTGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCgg > 1:1909146/1‑91 (MQ=255) aTGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGa > 2:3709229/1‑91 (MQ=255) aTGAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGa > 1:327460/1‑91 (MQ=255) gAACGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACt > 1:297523/1‑91 (MQ=255) aaCGATTTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACtt < 2:3949878/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |