New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1660020 = | 232 (1.140) | 25 (0.140) | 9/138 | NT | 11.9% | coding (1289/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
? | USA300TCH1516_ALE | 1660066 = | 172 (0.980) | coding (1243/1464 nt) | gluP | Rhomboid protease GluP |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTGCTATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGCATAATTTTTATTTATTGTCTGCTTCACAATATTTTGAGCATT > USA300TCH1516_ALE/1659976‑1660156 | tATCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAta > 2:2571406/1‑91 (MQ=255) tCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAtagt < 1:820924/91‑1 (MQ=255) tCGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAtagt < 1:2854820/91‑1 (MQ=255) cGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAtagta > 1:1165253/1‑91 (MQ=255) cGCTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGAtagta > 2:3665901/1‑91 (MQ=255) cTAACTCAAAATTTAATAAACCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGc > 1:934709/1‑91 (MQ=255) 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aCCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTaaa < 2:2757875/91‑1 (MQ=255) aCCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTaaa > 1:719094/1‑91 (MQ=255) aCCTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTaaa > 1:522508/1‑91 (MQ=255) ccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTGaat > 1:3558429/1‑91 (MQ=255) ccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaat < 2:1166412/91‑1 (MQ=255) ccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaat < 1:8478/91‑1 (MQ=255) ccTGATTTAGGAAACATTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAaat > 1:588909/1‑91 (MQ=255) ttaTTTAGGATACATTTTAAGTCCTCTCTTTCTTTCTGTCATACTTTTGGACTTAGAATTGATAGTATCCATCATCATACCACTTAaataa < 2:2417407/89‑1 (MQ=255) 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ttctaagtccgaaggtatgacagaatgggagcgaggacttagaatTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGatcatc > 1:3535522‑M2/46‑91 (MQ=255) ttCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTCTTCGCAGTCATCATCATCCCAGCTCTATAATATGTTTGatacgc < 2:1424062/91‑5 (MQ=255) TTCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGatcatc > 2:2211634‑M1/1‑91 (MQ=255) TCTAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCg < 1:219848‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGc > 2:1554928‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGc > 2:130387‑M1/1‑91 (MQ=255) TAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGc < 2:854393‑M1/91‑1 (MQ=255) TAAGTCCTCGCTCCCATTCTGTCATACCTTCGGACTTAGAATTGATAGTAGCCATAATCATACCACTTAAATAATATGTTTGATCATCGGc > 2:138760‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |