| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1665337 = | 88 (0.430) | 28 (0.200) | 9/108 | NT | 32.7% | intergenic (‑212/+65) | sodA/zur | Superoxide dismutase [Mn] 1/Zinc‑specific metallo‑regulatory protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1665405 = | 56 (0.410) | coding (408/411 nt) | zur | Zinc‑specific metallo‑regulatory protein | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
CACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTCTTTATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1665452‑1665337‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcataaatctcatttctttatattaATCTTGGCAAGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTG > USA300TCH1516_ALE/1665405‑1665493 CACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTAT < 1:2769485/91‑1CACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTAT < 2:3872839/91‑1 ACAAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATG > 1:2762343/1‑91 AAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCA > 2:3499280/1‑91 AAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCA > 2:211583/1‑91 AAACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCA > 2:1916096/1‑91 AACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCAT < 1:3714747/91‑1 AACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCAT < 1:3081139/91‑1 AACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCAT < 2:188143/91‑1 AACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCAT < 2:188502/91‑1 ACACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATA < 2:3726510/91‑1 CACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAA > 1:2251217/1‑91 CACAAACTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAA < 2:459396/91‑1 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CTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCA > 2:2292421/1‑91 CTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCA > 1:1421291/1‑91 CTTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCA > 2:3338043/1‑91 ttcAAGTTTGTGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCAT > 1:2953013/4‑91 TTGAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCAT > 1:3733284/1‑91 GAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTT < 1:226034/91‑1 GAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTT < 2:2651346/91‑1 GAAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTT < 1:68280/91‑1 AAGTTTATGGTGTATGTGAGTCTTGCCAAGATTAATATAAAGAAATGAGATTTATGCACATTTGGTCAGATGTATGCATAAATCTCATTTC < 2:773975/91‑1 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USA300TCH1516_ALE/1665452‑1665337‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcataaatctcatttctttatattaATCTTGGCAAGACTCACATACACCATAAACTTCAAGTTTGTGTTTGTGAATATTAACACCAGGTAGTGATAATTTTATCTGATCTATTG > USA300TCH1516_ALE/1665405‑1665493 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |