| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1671778 = | 204 (1.000) | 24 (0.130) | 11/146 | NT | 12.8% | intergenic (‑23/+108) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1671809 = | 142 (0.760) | intergenic (‑54/+77) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA | |||||
TTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1671873‑1671778‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caacctcACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > USA300TCH1516_ALE/1671809‑1671898 TTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCA > 1:342013/1‑91TTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCA > 1:151140/1‑91TTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCA > 1:785544/1‑91 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 1:5497/91‑1 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 1:3085190/91‑1 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 1:3084914/91‑1 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 1:3084651/91‑1 TAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAA < 1:2582169/91‑1 AATGATTGATACCAAGACATGAGTAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAAC < 2:3185634/91‑1 AATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAAC < 1:701123/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGGTTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:3002051/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:834040/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:1514200/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:1645066/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:1745964/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:3924268/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:429923/91‑1 ATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGAATAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACC < 2:3362227/91‑1 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 2:2120626/1‑91 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 1:219063/1‑91 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 1:1883604/1‑91 TGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCT > 2:609263/1‑91 GATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTTAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC > 2:1687197/1‑91 GATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC < 2:3036510/91‑1 GATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC < 1:1320470/91‑1 GATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC < 1:454044/91‑1 GATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC > 1:1918347/1‑91 GATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC < 1:3337388/91‑1 AGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAGGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTCTCA > 2:1489167/1‑91 GGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCAT > 1:2941798/1‑91 GTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATT > 1:2580888/1‑91 GTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATT > 2:480827/1‑91 GTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATT > 2:379060/1‑91 TTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTGATCTAAAAATAAATAAGCGCTCATTCATGACTTGGTATCAATCATTA > 2:3536069/1‑91 TTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTA > 2:627525/1‑91 TTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTA > 2:627606/1‑91 TGGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATATGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAA > 1:3370787/1‑91 GGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAA > 1:688274/1‑91 GGTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAA > 1:688115/1‑91 GTACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAA > 1:839427/1‑91 TACATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGCTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAAT > 2:2851812/1‑91 TACATTGAATAATGCTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAAT > 2:2851795/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTG > 1:735501/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTG > 2:3261467/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTG > 2:718060/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTG > 2:3925533/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAAT‑AATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGA > 2:386816/1‑91 CATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAAT‑AATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGA > 2:386853/1‑91 ATTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGA > 1:2079426/1‑91 TTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGAT > 1:1375693/1‑91 TTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGAT > 1:1375617/1‑91 TTGAATAATGTTCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGAT > 2:3242106/1‑91 CAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCC < 1:3822619/91‑1 CAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCC < 2:1199839/91‑1 CAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCAAGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCC > 2:20951/1‑91 AACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCA < 2:3278081/91‑1 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 1:1515114/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 2:1886893/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT < 1:2174860/91‑1 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT < 2:236735/91‑1 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 2:1886819/1‑91 ACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 1:1261844/1‑91 ACCTCACTCAAGATAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCAT > 1:3031565/1‑91 CCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATA < 2:2756605/91‑1 CCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATA > 1:735255/1‑91 CTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAA < 2:2768212/91‑1 CTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAA < 1:1881095/91‑1 CTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAA < 1:3495550/91‑1 CTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAA > 1:3533118/1‑91 TCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAA < 2:3844375/91‑1 TCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAA < 2:1970589/91‑1 TCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAA < 1:571111/91‑1 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > 1:2920155/1‑91 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > 2:1381054/1‑91 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > 2:1380847/1‑91 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG < 1:679369/91‑1 CACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG < 2:645782/91‑1 CACTCAAGTTAAAGCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTCATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > 2:3386489/1‑91 TTAATGATTGATACCAAGACATGAATAAGCGCTTATTTATTTTTAGATTAAGATTTAACTTGAGTGAGGTTGGTACATTGAATAATGTTCAACCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1671873‑1671778‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caacctcACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATCATTAAAATTGATATAAATTAATCCATAAAG > USA300TCH1516_ALE/1671809‑1671898 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |