| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1671778 = | 204 (1.000) | 24 (0.130) | 11/146 | NT | 12.8% | intergenic (‑23/+108) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1671809 = | 142 (0.760) | intergenic (‑54/+77) | trmK/sigA | tRNA (adenine(22)‑N(1))‑methyltransferase/RNA polymerase sigma factor SigA | |||||
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
ATATCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCTAAAAATAAATAAGCGCTTATTCATGTCTTGGTATCAATC > USA300TCH1516_ALE/1671688‑1671868 | ctttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtg > 2:1380847‑M1/91‑91 (MQ=255)ctttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtg > 1:2920155‑M1/91‑91 (MQ=255) tttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtga < 1:571111‑M1/2‑1 (MQ=255) tttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtga < 2:3844375‑M1/2‑1 (MQ=255) tatCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATTGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAAAGAAATAATTTTATTCTTCTTTATGAAAAAaga > 2:3658200/1‑91 (MQ=255) ttatggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtgag < 1:3495550‑M1/3‑1 (MQ=255) atCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAagag > 1:464033/1‑91 (MQ=255) atCCGCGATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAagag > 2:3124518/1‑91 (MQ=255) atCCGCGATTGTAACTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAagag < 2:3404149/91‑1 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt > 2:1886819‑M1/87‑91 (MQ=255) atggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGt > 1:1515114‑M1/87‑91 (MQ=255) tggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGtt < 2:3278081‑M1/6‑1 (MQ=255) ggattaatttatatcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTg < 1:3822619‑M1/7‑1 (MQ=255) gcgATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTg < 1:2455082/91‑1 (MQ=255) gcgATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTg < 1:1879775/91‑1 (MQ=255) gcgATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTg > 1:1141445/1‑91 (MQ=255) cgATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGa > 1:3545303/1‑91 (MQ=255) gATTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGaa < 1:445043/91‑1 (MQ=255) aTTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAAc < 2:3714343/91‑1 (MQ=255) aTTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAAc > 1:112475/1‑91 (MQ=255) aTTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAAc > 1:1195675/1‑91 (MQ=255) aTTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAAc < 1:3762148/91‑1 (MQ=255) aTTGTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAAc < 2:3091365/91‑1 (MQ=255) gTACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACatt < 1:2802550/91‑1 (MQ=255) tACCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACatta > 2:2756078/1‑91 (MQ=255) aCCTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattat > 1:804937/1‑91 (MQ=255) ccTTGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACattatt > 2:2172548/1‑91 (MQ=255) ttGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCa > 2:1218511/1‑91 (MQ=255) tGTTTTAAAAATCGACTTACCGTCATTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCaa < 2:3942528/91‑1 (MQ=255) atcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCaa > 1:1375617‑M1/73‑91 (MQ=255) atcaattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCaa > 2:3242106‑M1/73‑91 (MQ=255) ttttAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATg < 1:3015882/91‑1 (MQ=255) caattttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATg > 2:718060‑M1/71‑91 (MQ=255) ttAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTa > 2:3562930/1‑91 (MQ=255) ttAAAAATCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTa > 2:1439559/1‑91 (MQ=255) attttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttagcttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTa > 2:2851812‑M1/69‑91 (MQ=255) tttaatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTAcc > 1:688274‑M1/67‑91 (MQ=255) ttaatgattgataccaagacatgaataagcgcatatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCa > 1:3370787‑M1/66‑91 (MQ=255) aaaaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAGCGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCa < 2:3864568/91‑1 (MQ=255) taatgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCaa > 2:627606‑M1/65‑91 (MQ=255) aaaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCaa > 1:1785708/1‑91 (MQ=255) aaTCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAAc < 1:2047645/91‑1 (MQ=255) atgattgataccaagacatgaataagcgcttatttatttttagattaagatttaacttgagtGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAAcc > 1:2941798‑M1/63‑91 (MQ=255) tCGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACct > 1:2202103/1‑91 (MQ=255) cGACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctc > 2:3778409/1‑91 (MQ=255) gACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctca < 2:2514933/91‑1 (MQ=255) gACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctca > 2:958855/1‑91 (MQ=255) gACTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctca > 1:2689134/1‑91 (MQ=255) aCTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcac > 2:1400826/1‑91 (MQ=255) aCTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcac > 2:2280608/1‑91 (MQ=255) aCTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcac > 2:389878/1‑91 (MQ=255) aCTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCAAAAAAAAAAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcac < 2:858183/91‑1 (MQ=255) cTTACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcact > 2:3326476/1‑91 (MQ=255) ttACCGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACctcactc > 1:30511/1‑91 (MQ=255) ccGTCGTTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAg > 2:756608/1‑91 (MQ=255) cgtcgtTAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGt < 2:1133646/91‑1 (MQ=255) tAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATc > 2:1467473/1‑91 (MQ=255) tAATCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATc < 1:1737473/91‑1 (MQ=255) aTCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATCtt > 2:2822608/1‑91 (MQ=255) aTCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATCtt > 2:3532886/1‑91 (MQ=255) tCGGTTATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTa > 2:2917125/1‑91 (MQ=255) ttATTTAACGAAATCATTTTATTCTCCTTTATGAAAAAAGAGGTTGAACATTATTCAATGTACCAACCTCACTCAAGTTAAATCTTAATCt > 1:988002/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |