| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1682514 = | 188 (0.920) | 21 (0.120) | 11/140 | NT | 11.3% | intergenic (‑259/+45) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1682550 = | 164 (0.920) | intergenic (‑295/+9) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1682612‑1682514‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgcttgttttCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGAACGCTGA > USA300TCH1516_ALE/1682550‑1682639 GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTG < 2:2924958/91‑1GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTG > 1:2044150/1‑91GTAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTG < 1:837060/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 2:3892495/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 1:324790/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 2:364489/91‑1 TAATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGC < 1:908594/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAAGAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 1:3948910/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 1:1600027/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT > 2:127164/1‑91 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 1:634448/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 1:633133/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT > 1:1981028/1‑91 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT > 1:1981104/1‑91 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 2:157639/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 2:2602504/91‑1 AATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCT < 2:2704226/91‑1 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT > 2:1300916/1‑91 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT < 2:3713600/91‑1 ATCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTT < 1:1623300/91‑1 TCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG < 1:1596511/91‑1 TCAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTG < 1:1596166/91‑1 CAATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGT > 1:2981615/1‑91 AATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTT > 2:1021574/1‑91 AATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTT < 2:2626335/91‑1 ATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT > 1:2646789/1‑91 ATGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTT < 1:3863960/91‑1 TGGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGTTAGTTGCTTGTTTT < 1:3143512/91‑1 GGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTC > 1:1595143/1‑91 GGTATGATATGGTCAGAAATTTTAGCTAAACCAAAACAATTATAAAATTTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTC > 1:1595503/1‑91 TTTTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATC > 1:2499911/1‑91 TTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCAT > 1:3195183/1‑91 TTTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCATGTCTTCAAAAACTTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCAT > 1:3151039/1‑91 TTGAAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCGCGTTTTCAAAAAATTTTCTAATTGTTTTGGTTCAGCTCAAATTTCTGACCATATCATA > 2:381611/1‑91 AAAACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCA > 1:2762826/1‑91 ACAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTG > 2:1281004/1‑91 CAAGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGA > 1:2303385/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATT > 1:1914900/1‑91 AGCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATT > 2:2680209/1‑91 GCACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTA > 1:3856003/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAATATTTTAGACTTGTTTTCGGTTAGCTACAATTTCTGACCATGTCATACCATTGATTAC > 2:3268395/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 2:1885275/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 2:2600890/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:646104/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 1:1699410/1‑91 CACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTCTTGGTCTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTAC > 2:25294/1‑91 ACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACT > 1:3852345/1‑91 ACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACT > 1:3852270/1‑91 ACTATCGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACT > 2:2553977/1‑91 CGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATC > 1:2703523/1‑91 CGTAATGGTAGTTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGCTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATC > 1:942082/1‑91 TGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTTAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTG > 1:3419523/1‑91 TGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTG < 1:690675/91‑1 TGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTG < 1:690673/91‑1 TGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATCTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTG > 1:3421253/1‑91 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 1:1791686/91‑1 CTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGA < 1:2189038/91‑1 TTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGAA < 1:2391377/91‑1 TGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGAAC < 2:942385/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |