New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1682514 = | 188 (0.920) | 21 (0.120) | 11/140 | NT | 11.3% | intergenic (‑259/+45) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1682550 = | 164 (0.920) | intergenic (‑295/+9) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
TAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCATTGATTACTTCATCTTTATCAAATTGGAACGCTGAT > USA300TCH1516_ALE/1682460‑1682640 | tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc > 2:1368551/1‑91 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc > 2:2413233/1‑91 (MQ=255) ggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgaaaacaagcactatcgtaatggtagttgcttgttttc > 1:1595143‑M2/91‑91 (MQ=255) aaCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCa < 2:1175154/91‑1 (MQ=255) aaCGAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTGAATTTTTCGTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCa < 2:2846258/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 1:127712/1‑91 (MQ=255) tAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaa < 1:1661853/91‑1 (MQ=255) gatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaa > 1:2499911‑M1/50‑91 (MQ=255) aaTATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaa > 2:2214274/1‑91 (MQ=255) atatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaaa > 2:694502/1‑91 (MQ=255) atatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaaa > 2:1270142/1‑91 (MQ=255) tatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTTCCATTACGTTAGTGCTTGTTTTCaaaaagt < 1:2563615/91‑3 (MQ=255) tatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAt > 2:915018/1‑91 (MQ=255) tttCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAttt < 2:1692297/91‑1 (MQ=255) 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aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt < 2:3404659/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt > 1:1001637/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTAATTAAAGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt < 2:2635543/91‑1 (MQ=255) aaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGtt < 2:1798228/91‑1 (MQ=255) aaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGtt < 1:879607/91‑1 (MQ=255) aTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGttt > 2:47771/1‑91 (MQ=255) tctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTAGCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGt < 1:3138879/91‑1 (MQ=255) tttGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCCAAAAATTTTATAATTGTTTTGGttt > 2:3422301/1‑91 (MQ=255) tttGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGttt < 1:3469411/91‑1 (MQ=255) gTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGc > 2:2360336/1‑91 (MQ=255) ttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaa < 1:1549172/91‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaaa > 2:2759127/1‑91 (MQ=255) ttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaaaa < 1:1083992/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAt > 1:541837/1‑91 (MQ=255) tAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATAACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAt > 1:3337210/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAttt < 1:3691382/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |