| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1682514 = | 188 (0.920) | 21 (0.120) | 11/140 | NT | 11.3% | intergenic (‑259/+45) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1682550 = | 164 (0.920) | intergenic (‑295/+9) | USA300HOU_RS08380/USA300HOU_RS08385 | PhoH‑like protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
AATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCA > USA300TCH1516_ALE/1682424‑1682604 | tcagcgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttga > 2:1568044‑M1/91‑91 (MQ=255)tcagcgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttga > 1:1521096‑M1/91‑91 (MQ=255)tcagcgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttga < 1:3626103‑M1/1‑1 (MQ=255)aaTTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAA > 2:3466787‑M1/1‑91 (MQ=255) tgcgatccaaattgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatgatcagaaattatagctaaaccaaaacaattataaaattttttgaaa < 2:1754893‑M1/3‑1 (MQ=255) cgttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAAc > 1:1049790‑M1/87‑91 (MQ=255) tAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAAAAAAAAAAAAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACA < 2:1804927‑M1/91‑1 (MQ=255) gttccaatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACa < 1:416231‑M1/6‑1 (MQ=255) aGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAA > 2:3884237‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGC < 2:1378181‑M1/91‑1 (MQ=255) caatttgataaagatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaatttaagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCa > 1:3419523‑M1/82‑91 (MQ=255) cTAATCAATTTTTTGTTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAACAAACAAGCA > 2:585369‑M1/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 1:3734622‑M1/1‑91 (MQ=255) cTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCA > 2:2676464‑M1/1‑91 (MQ=255) aTCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACt < 1:541850/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTAcc > 1:1651923/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTAcc < 1:3040302/91‑1 (MQ=255) ttttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCAt > 2:539320/1‑91 (MQ=255) ttttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTa < 2:226555/91‑1 (MQ=255) ttGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACg < 2:2876090/91‑1 (MQ=255) gatgaagtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaagcaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACg > 1:942082‑M1/70‑91 (MQ=255) gCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGAt > 2:3950282/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa < 1:2216819/91‑1 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:693233/1‑91 (MQ=255) cTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATa > 1:1855131/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagt < 2:3722651‑M1/91‑17 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAg > 2:3558118/1‑91 (MQ=255) tGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACCATAg > 2:3606799/1‑91 (MQ=255) gTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTATAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagtt < 1:3147583‑M1/91‑18 (MQ=255) tAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtg < 1:836583‑M2/91‑3 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctagaccaagacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 2:25294‑M1/64‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 1:646104‑M1/64‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 2:2600890‑M1/64‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 2:1885275‑M1/64‑91 (MQ=255) gtaatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTg > 1:1699410‑M1/64‑91 (MQ=255) taatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGc > 1:3856003‑M1/63‑91 (MQ=255) aatcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCt > 1:1914900‑M1/62‑91 (MQ=255) aTTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgct < 1:2187110‑M1/91‑21 (MQ=255) tcaatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTg > 1:2303385‑M1/60‑91 (MQ=255) tAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgcttgt < 1:3538267‑M1/91‑24 (MQ=255) tAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgcttgt < 1:2591305‑M1/91‑24 (MQ=255) caatggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGt > 2:1281004‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtt < 1:2063149‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 1:3081218‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 2:3775302‑M2/91‑10 (MQ=255) aaTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgttt < 2:633367‑M2/91‑10 (MQ=255) tggtatgatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGtttt > 1:2762826‑M1/56‑91 (MQ=255) aTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtttt < 2:2839868‑M2/91‑11 (MQ=255) aTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtttt < 2:2192293‑M2/91‑11 (MQ=255) aTAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTCCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGtgcttgtttt < 2:3046290‑M2/91‑11 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTATCGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc < 2:933820/91‑1 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGTAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc > 1:3848583/1‑91 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc < 1:3358697/91‑1 (MQ=255) tAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTc > 1:2342102/1‑91 (MQ=255) aaCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCa < 2:1175154/91‑1 (MQ=255) aaCGAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTGAATTTTTCGTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCa < 2:2846258/91‑1 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagttgcttgttttttt < 1:2473557‑M1/91‑30 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 1:127712/1‑91 (MQ=255) aCTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaa > 2:369646/1‑91 (MQ=255) gatatggtcagaaattttagctaaaccaaaacaattataaaattttttgAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaa > 1:2499911‑M1/50‑91 (MQ=255) atatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaaa > 2:1270142/1‑91 (MQ=255) atatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCaaaaaa > 2:694502/1‑91 (MQ=255) tatTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTTCCATTACGTTAGTGCTTGTTTTCaaaaagt < 1:2563615/91‑3 (MQ=255) tttCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAttt < 2:1425702/91‑1 (MQ=255) ttCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAAtttt < 2:431374/91‑1 (MQ=255) tcGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTACTTGTTTTCAAAAAATTTtata > 2:3188565/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAtt > 2:1098248/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAtt < 2:1485925/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAAAATAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAAtt < 2:733329/91‑1 (MQ=255) aaaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTg < 2:2925963/91‑1 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt > 1:1001637/1‑91 (MQ=255) aaaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTAATTAAAGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGt < 2:2635543/91‑1 (MQ=255) aaTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGtt < 1:179275/91‑1 (MQ=255) aTTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGttt > 2:47771/1‑91 (MQ=255) ctctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATATagcttgtttttttacgttaagaaaaattaaaaaa < 1:1508766‑M2/91‑35 (MQ=255) ctctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTgg > 2:1604590/1‑91 (MQ=255) tctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGt > 1:3218554/1‑91 (MQ=255) ctTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGtt > 2:564761/1‑91 (MQ=255) tttGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCCAAAAATTTTATAATTGTTTTGGttt > 2:3422301/1‑91 (MQ=255) tttGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGttt < 1:3469411/91‑1 (MQ=255) tGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAg < 2:868994/91‑1 (MQ=255) gTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGc > 2:2360336/1‑91 (MQ=255) ttttttAATTTTTCTTAGCATAAAAAAACAAGCActatcgtaatggtagtttcttgtttttttgcgttaagaaaaattaaaaaacaaagag < 1:1508765‑M1/91‑58 (MQ=255) ttttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCt < 1:2814320/91‑1 (MQ=255) ttttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCt < 1:203572/91‑1 (MQ=255) tttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGAAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCtt > 2:2079178/1‑90 (MQ=255) ttttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaa < 1:1549172/91‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaaa < 1:1142988/91‑1 (MQ=255) tttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaaa > 2:2759127/1‑91 (MQ=255) tttAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGATTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTaaa > 2:2566506/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAttt > 2:3260435/1‑91 (MQ=255) aTTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAAttt < 1:3691382/91‑1 (MQ=255) tttCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTg > 2:3279520/1‑91 (MQ=255) aaCGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCata < 2:3408415/91‑1 (MQ=255) aaCGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCata > 1:1370757/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCAt > 2:2426746/1‑91 (MQ=255) tAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCAt < 2:2580165/91‑1 (MQ=255) aaaaaaaCAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATa < 2:1823545/91‑1 (MQ=255) aaaaCAAGCActatcgtaatggtagttgcttgtttttttacgttaagtaaaattaaaaaacaaagagaatttttcgagaaatattagttat < 2:3045858‑M1/91‑82 (MQ=255) aaaaCAAGCActatcgtaatggtagttgcttgtttttttacgttaagaaaaattaaaaaacaaagagaatttttcgagaaatattagttat > 1:1624042‑M1/1‑10 (MQ=255) | AATTTTAGACTAATCAATTTTTTGCTGTAATTTAAATAACTAATATTTCTCGAAAAATTCTCTTTGTTTTTTAATTTTTCTTAACGTAAAAAAACAAGCAACTACCATTACGATAGTGCTTGTTTTCAAAAAATTTTATAATTGTTTTGGTTTAGCTAAAATTTCTGACCATATCATACCA > USA300TCH1516_ALE/1682424‑1682604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |