| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1702267 | 173 (0.850) | 11 (0.060) | 6/138 | NT | 6.9% | intergenic (‑11/+38) | comEA/tylM1 | ComE operon protein 1/dTDP‑3‑amino‑3,6‑dideoxy‑alpha‑D‑glucopyranose N,N‑dimethyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1702290 | 148 (0.840) | intergenic (‑34/+15) | comEA/tylM1 | ComE operon protein 1/dTDP‑3‑amino‑3,6‑dideoxy‑alpha‑D‑glucopyranose N,N‑dimethyltransferase | |||||
ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1702168‑1702267‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taaaaccactcGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTTATATAT < USA300TCH1516_ALE/1702290‑1702201 ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATA > 1:204975/1‑91ATTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATA < 2:3821428/91‑1 TTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAA > 2:818386/1‑91 TTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAA < 1:1058362/91‑1 TTAATACCATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAA > 2:818122/1‑91 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ATAATTAAAACAACAGCACTTAGAATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTC < 1:2247980/91‑1 AATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAG < 1:998809/91‑1 ATATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGCGTATAAAGTTGAGG < 2:2249074/91‑1 ATATATAACTTCCACTGAATTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCGTTCGCTCAGACGCGTATAAAGTTGAGG < 2:2249286/91‑1 TATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGA < 1:6621/91‑1 TATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGA < 2:1931955/91‑1 TATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGA < 2:1931894/91‑1 ATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAG < 2:882214/91‑1 ATATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAG < 1:668773/91‑1 TATAACTTCCATTGAGTTAACAAATCTTGATAGCACAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGT < 2:1699749/91‑1 TATAACTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGT < 1:875448/91‑1 CTTCCATTGAGTTAAAAAATCTTTATAGCGTAATAAAAATTGATACAATAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTT < 1:1402867/91‑1 TAAAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGA < 2:1074558/91‑1 AAACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG < 2:251/91‑1 AAACCACGCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAG < 2:595257/91‑1 AACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGT < 2:260076/91‑1 AACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGT > 1:2484361/1‑91 ACCACTCGCTCAGACGTGTATAAAGTTGAGGAGTGGTTTTATTGTATCAATTTTTATTACGCTATAAAGATTTTTTAACTCAATGGAAGTT < 2:99263/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |