| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1708636 = | 216 (1.060) | 21 (0.130) | 12/132 | NT | 10.3% | intergenic (+81/+121) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1708685 = | 189 (1.130) | intergenic (+130/+72) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1708739‑1708636‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAA > USA300TCH1516_ALE/1708685‑1708771 TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTC > 2:455964/1‑91TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTC > 2:456927/1‑91TTAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTC < 1:1850760/91‑1 TAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCT > 2:3093690/1‑91 TAATAATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCT > 2:2919088/1‑91 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ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG > 2:1080607/1‑91 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG < 2:3232/91‑1 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG < 2:312088/91‑1 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG > 1:1368041/1‑91 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG < 1:2411752/91‑1 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG < 2:2356614/91‑1 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG < 2:751140/91‑1 ATCTTTGACAGTGAAATATAAAGACCCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTG < 2:748393/91‑1 TCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGC > 2:3747958/1‑91 TCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGC < 2:2841777/91‑1 TCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGC > 2:1237894/1‑91 TCTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGC > 2:3747344/1‑91 CTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCT > 1:3251750/1‑91 CTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCT < 1:1893562/91‑1 CTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCT > 2:3663233/1‑91 CTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCT < 1:2696674/91‑1 CTTTGACAGTGAAATATAAAGTACCTGTCATTATGTTGTTACAAATAAAAACAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCT < 1:2691662/91‑1 TTTGACGGTGAAATATATAGTCCCTGTCATTATGTTGTTACAAACAAAACCAGCAGTAAGGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCTG > 2:2577966/1‑91 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |