New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1708636 = | 216 (1.060) | 21 (0.130) | 12/132 | NT | 10.3% | intergenic (+81/+121) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
? | USA300TCH1516_ALE | 1708685 = | 189 (1.130) | intergenic (+130/+72) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
Only 100 of 352 total aligned reads displayed.
TCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAG > USA300TCH1516_ALE/1708595‑1708775 | tCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGttttt > 2:208662/1‑91 (MQ=255) cGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTa > 1:3877331/1‑91 (MQ=255) cGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTa > 1:2252577/1‑91 (MQ=255) gTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAt > 2:27368/1‑91 (MQ=255) gTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAt > 2:684278/1‑91 (MQ=255) gTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAt < 2:1546045/91‑1 (MQ=255) tATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAtt < 1:1607768/91‑1 (MQ=255) aTCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAttt > 2:2536120/1‑91 (MQ=255) cGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGt > 2:823988/1‑91 (MQ=255) tCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaacaa < 2:3409378/91‑1 (MQ=255) ccTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaacaac > 2:2451083/1‑91 (MQ=255) tttGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACAt > 1:409226/1‑91 (MQ=255) tttGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACAt < 2:3893027/91‑1 (MQ=255) tgtgCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATaa < 1:990580/91‑1 (MQ=255) 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aaTTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTta > 1:2447960/1‑91 (MQ=255) aaTTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTta < 2:2573390/91‑1 (MQ=255) aTTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTtat > 2:1464120/1‑91 (MQ=255) tAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATAttt < 2:2157282/91‑1 (MQ=255) aaTAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTc > 2:3105579/1‑91 (MQ=255) aaTAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTc < 2:2879118/91‑1 (MQ=255) aaTAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTc > 1:1103949/1‑91 (MQ=255) aTAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCa < 1:32712/91‑1 (MQ=255) aTAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCa > 2:3347578/1‑91 (MQ=255) tAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCAc < 1:666519/91‑1 (MQ=255) tAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCAc < 1:3390490/91‑1 (MQ=255) aGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACt < 1:2870861/91‑1 (MQ=255) AAAACAGCAGTCAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGt > 1:3585217‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGt > 1:589355‑M1/1‑91 (MQ=255) AACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCa > 2:3067530‑M1/1‑91 (MQ=255) ACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCaa < 2:1070‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCaa < 1:1045364‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCaaa < 1:3481751‑M1/91‑1 (MQ=255) agcagtaaggatgctaacacttagaaaagtcttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAg > 2:845682‑M2/45‑91 (MQ=255) AGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAg < 1:2696674‑M1/91‑1 (MQ=255) AGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAg > 2:3663233‑M1/1‑91 (MQ=255) gcagtaaggatgctaacacttagataagtcttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTATTTTATATTTCACTGTCAATGa > 2:1180209‑M2/44‑91 (MQ=255) GCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGa > 2:1237894‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGa > 2:3747344‑M1/1‑91 (MQ=255) GCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGa > 1:3290840‑M1/1‑91 (MQ=255) CAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGat < 2:312088‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGat < 2:2356614‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGat < 2:3232‑M1/91‑1 (MQ=255) CAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGGTCTTTATATTTCACTGTCAAAGat < 2:748393‑M1/91‑1 (MQ=255) GTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGatta < 2:1638091‑M1/91‑1 (MQ=255) GTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGatta < 2:2498053‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGattatt > 2:1845436‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGattatt < 2:729309‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGattatt < 2:3601297‑M1/91‑1 (MQ=255) aggatgctaacacttagaaaagtcttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGAttatta > 1:2665487‑M2/38‑91 (MQ=255) gatgctaacacttagaaaagtcttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAAt > 2:109737‑M2/36‑91 (MQ=255) aCTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAAt > 1:1788456/1‑91 (MQ=255) aCTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAAt < 2:1363400/91‑1 (MQ=255) atgctaacacttagaaaagtctcactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACCGGGACTTGATCTTTCACTCTCAAAGATTATTAATg > 2:2003334‑M2/35‑91 (MQ=255) ttttCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGa < 1:1001802/91‑1 (MQ=255) 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ccTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTAt > 2:1013513/1‑91 (MQ=255) ttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGa > 2:2625852‑M2/14‑91 (MQ=255) ttactgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGa > 2:637005‑M2/14‑91 (MQ=255) actgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGAtt < 1:171586‑M2/80‑1 (MQ=255) actgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGAtt < 1:1379554‑M2/80‑1 (MQ=255) tgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTg < 2:945494‑M2/82‑1 (MQ=255) tgctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTg < 2:569935‑M2/82‑1 (MQ=255) ctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGaa > 1:2402001‑M2/8‑91 (MQ=255) ctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGaa < 1:2580744‑M2/84‑1 (MQ=255) ctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGaa > 1:769090‑M2/8‑91 (MQ=255) ctgttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGaa < 1:3027536‑M2/84‑1 (MQ=255) gttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGaata > 2:3809662‑M2/6‑91 (MQ=255) ttttTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGaataa < 1:415506‑M2/87‑1 (MQ=255) tATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAg > 1:3696994/1‑91 (MQ=255) | TCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAG > USA300TCH1516_ALE/1708595‑1708775 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |