| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1708636 = | 216 (1.060) | 21 (0.130) | 12/132 | NT | 10.3% | intergenic (+81/+121) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1708685 = | 189 (1.130) | intergenic (+130/+72) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A | |||||
Only 100 of 409 total aligned reads displayed.
TTTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGT > USA300TCH1516_ALE/1708546‑1708726 | tttACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGA < 2:2619199‑M1/91‑1 (MQ=255) tACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAA > 1:3108330‑M1/1‑91 (MQ=255) tACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAA > 2:2835539‑M1/1‑91 (MQ=255) tACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAA > 2:1928541‑M1/1‑91 (MQ=255) ttattcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataaaaa > 1:1269634‑M1/88‑91 (MQ=255) ttattcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataaaaa < 1:415506‑M1/4‑1 (MQ=255) aCTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAA < 1:716456‑M1/91‑1 (MQ=255) cTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATTATTCTAATAGAAAAC > 2:2571680‑M1/1‑91 (MQ=255) ttcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcag < 1:2466908‑M1/7‑1 (MQ=255) ttcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcag > 1:769090‑M1/85‑91 (MQ=255) ataGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAG > 1:559188‑M1/1‑91 (MQ=255) ataGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAG > 2:3392274‑M1/1‑91 (MQ=255) tcaaatcataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAAcagc > 2:2497490‑M1/84‑91 (MQ=255) tagtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGT < 1:302992‑M1/91‑1 (MQ=255) 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ttACACAGTTAATCATAGTTGTTTCGTATCGAGTTCCTTTGTGCATTAAAGAGAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAgtg < 1:2415191/91‑1 (MQ=255) cacaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTa < 2:3426111/91‑1 (MQ=255) acaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAg < 1:2880114/91‑1 (MQ=255) acaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAg < 2:44793/91‑1 (MQ=255) acaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAg > 1:683683/1‑91 (MQ=255) caGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGc > 2:2689488/1‑91 (MQ=255) caGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGc < 1:2115508/91‑1 (MQ=255) aGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCa < 2:2156109/91‑1 (MQ=255) aGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCa > 1:1366915/1‑91 (MQ=255) ttAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATc > 1:1736346/1‑91 (MQ=255) attaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATc > 2:109737‑M1/57‑91 (MQ=255) aaTCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCct < 1:1994777‑M2/91‑3 (MQ=255) aTCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAATACTGCAGTAAGgttgttaacacttagaaaagtctt < 2:178901‑M1/91‑25 (MQ=255) tCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCctta > 2:3607801‑M2/1‑87 (MQ=255) cATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttac > 1:1039376‑M2/1‑86 (MQ=255) aatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTAct > 1:909120‑M1/51‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |