New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1708649 | 214 (1.050) | 12 (0.070) | 6/132 | NT | 6.2% | intergenic (+94/+108) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1708670 | 189 (1.130) | intergenic (+115/+87) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1708546‑1708649 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaacagcagtaagGATGCTAACACTTAGAAAAGTCTTACTGCTGTTTTCTATTAGAATTATCTTTAATGCACAAAGGAATTCGATACGAAACAAATATGATTA < USA300TCH1516_ALE/1708670‑1708581 TTTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGA < 1:2537164/91‑1 TTTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGA < 2:2619199/91‑1 TTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAA < 2:3176690/91‑1 TTACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAA > 2:1158938/1‑91 TACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAA > 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USA300TCH1516_ALE/1708670‑1708581 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |