| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1708649 | 214 (1.050) | 12 (0.070) | 6/132 | NT | 6.2% | intergenic (+94/+108) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1708670 | 189 (1.130) | intergenic (+115/+87) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A | |||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
TTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAA > USA300TCH1516_ALE/1708559‑1708739 | cataatttaattaagttaatcattaataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAg > 1:3570721‑M1/78‑91 (MQ=255) tttATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGa > 1:1109541/1‑91 (MQ=255) tttATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGa > 2:399268/1‑91 (MQ=255) ttATTTTGTTATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGAc > 1:1979540/1‑91 (MQ=255) ttATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGAc > 2:2146033/1‑91 (MQ=255) tATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACt < 2:2902401/91‑1 (MQ=255) tATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACt < 1:1627900/91‑1 (MQ=255) ttttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACttt < 2:882112/91‑1 (MQ=255) ttttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACttt > 2:1808081/1‑91 (MQ=255) tttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACtttt > 2:2617661/1‑91 (MQ=255) tttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACtttt < 1:274021/91‑1 (MQ=255) ttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTc < 1:1409767/91‑1 (MQ=255) tGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGAGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCt < 2:2469509/91‑1 (MQ=255) gTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTa > 2:3656511/1‑91 (MQ=255) 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gTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCAt < 2:1998608/91‑1 (MQ=255) taataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCt > 2:3765831‑M1/55‑91 (MQ=255) aaTCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCct < 1:1363400‑M2/91‑3 (MQ=255) aataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCtt > 2:2972490‑M1/54‑91 (MQ=255) aTCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAATACTGCAGTAAGgttgttaacacttagaaaagtctt < 2:178901‑M1/91‑25 (MQ=255) aTCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGgatgctaacacttagaaaagtctt < 1:3717997‑M1/91‑25 (MQ=255) aTCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCctt > 2:2226155‑M2/1‑88 (MQ=255) tCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCctta < 1:2269678‑M2/91‑5 (MQ=255) ataatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTa > 2:1544948‑M1/53‑91 (MQ=255) acatttGTTGCGGATCGAATTCCTGTTTTCATTAAAGAGAATTCGAATAAAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttact > 2:628409‑M2/3‑85 (MQ=255) aatctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTAct > 1:909120‑M1/51‑91 (MQ=255) atTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgc > 2:1157080‑M2/1‑83 (MQ=255) atTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgc < 1:1152685‑M2/91‑9 (MQ=255) atTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgc < 2:675610‑M2/91‑9 (MQ=255) tttGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgct < 2:3535747‑M2/91‑10 (MQ=255) ctttgacagtgaaatataaagtacctgtcattatgttgttacaaataAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTActgct > 1:2687242‑M1/48‑91 (MQ=255) ttGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctg > 2:331747‑M2/1‑81 (MQ=255) ttGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctg > 1:2821701‑M2/1‑81 (MQ=255) tGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctgt < 1:2173073‑M2/91‑12 (MQ=255) tGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctgt < 2:1290696‑M2/91‑12 (MQ=255) tttCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctgttt > 2:1040211‑M2/1‑78 (MQ=255) ttCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctgtttt > 2:1116651‑M2/1‑77 (MQ=255) ttCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCcttactgctgtttt > 1:2157855‑M2/1‑77 (MQ=255) tCGTATCGAATTGCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGttttt > 1:3040509/1‑91 (MQ=255) cGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTa < 1:2114314/91‑1 (MQ=255) cGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTa > 1:3877331/1‑91 (MQ=255) tATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAtt > 2:1620970/1‑91 (MQ=255) tATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAtt < 2:286994/91‑1 (MQ=255) aTCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAttt > 2:2536120/1‑91 (MQ=255) aaTTCCGTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGGGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaa < 1:3291805/91‑1 (MQ=255) aTTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaac > 1:1257460/1‑91 (MQ=255) aTTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaac > 1:2851458/1‑91 (MQ=255) tCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaacaa < 2:1377085/91‑1 (MQ=255) tCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaacaa < 2:192243/91‑1 (MQ=255) tttGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACAt < 2:3893027/91‑1 (MQ=255) gCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGa < 2:2313831/91‑1 (MQ=255) gCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGa < 2:3160621/91‑1 (MQ=255) gCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGa > 2:3486786/1‑91 (MQ=255) aTAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACtt < 2:560827/91‑1 (MQ=255) aTAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACtt < 1:2648666/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |