| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1728897 = | 221 (1.080) | 13 (0.070) | 8/138 | NT | 7.0% | intergenic (‑131/+331) | yrrB/mnmA | TPR repeat‑containing protein YrrB/tRNA‑specific 2‑thiouridylase MnmA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1728932 = | 153 (0.870) | intergenic (‑166/+296) | yrrB/mnmA | TPR repeat‑containing protein YrrB/tRNA‑specific 2‑thiouridylase MnmA | |||||
TCCCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1728996‑1728897‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAAC > USA300TCH1516_ALE/1728932‑1729020 TCCCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTA > 2:2800355/1‑91TCCCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTA > 2:2800013/1‑91 CCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAAT > 2:3547500/1‑91 CCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAAT < 1:916274/91‑1 CCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAAT > 2:3547530/1‑91 CTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCTTTACATAATAAACCGTTAATG > 2:776037/1‑91 CTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATG < 2:1666476/91‑1 CTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATG > 1:2344676/1‑91 CTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATG > 1:2295557/1‑91 CTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATG > 1:2295447/1‑91 CTATGCATGAATCTAATGATGTATTCTTATTTTTACGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTCCATAATAAACCGTTAATG < 2:499098/91‑1 TATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGG < 1:2502287/91‑1 TATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGG < 1:2510008/91‑1 TATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGG > 2:1505116/1‑91 TGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATACTAAACCGTTAATGGTT > 2:2516661/1‑91 TGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTT > 2:2516899/1‑91 TGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTT > 2:2719760/1‑91 TGCATGAAGCTAATTATGTATTCGTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGAAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTT < 2:1598408/91‑1 GCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTC < 1:457433/91‑1 CATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCT < 2:1248250/91‑1 CATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCT > 2:231779/1‑91 CATGAATCTAATTATGTATTCTTATCTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCT < 1:3687248/91‑1 TAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATA > 2:2367337/1‑91 AAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCAT > 1:3394080/1‑91 ACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCAT > 1:2506490/1‑91 CCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATA > 1:2683674/1‑91 CATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAG > 1:3879812/1‑91 CATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAG > 1:2955514/1‑91 CATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAG > 1:2955461/1‑91 ATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATACGAATACATAATTCGATTCATGCATAGG > 2:1178755/1‑91 TTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGG > 1:3712708/1‑91 TTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGG > 1:759311/1‑91 TTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGG > 2:616766/1‑91 TACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGA > 2:2436612/1‑91 TACATAATAAACCGTTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGA > 2:2636838/1‑91 tagTGGGTCTTCCACATAAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATGAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGCAGTGGGACAGAAATGA < 2:1716326/88‑1 TAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGA < 2:3104475/91‑1 TAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGA > 1:2963413/1‑91 AATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGAT < 2:858631/91‑1 ATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATA > 1:1379707/1‑91 GGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATT < 1:1643687/91‑1 GGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATT < 1:1643635/91‑1 GTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTT < 1:3517299/91‑1 TTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTT > 1:727344/1‑91 TTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTT < 1:2017215/91‑1 TTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTT < 1:1664768/91‑1 TCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTA < 1:399554/91‑1 CTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAA < 1:1286389/91‑1 CTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAA < 1:2444817/91‑1 CTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAA < 1:1286530/91‑1 CTTCCACAGTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAA < 1:2483729/91‑1 TTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAAC < 2:3927123/91‑1 TCCCTATGCATGAATCTAATTATGTATTCTTATTTTTAAGTACATAATAGTGGTGGCTAATGTGGAAGAACCATTACATAATAAACCGTTAATGGTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1728996‑1728897‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAAC > USA300TCH1516_ALE/1728932‑1729020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |