| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1728897 = | 221 (1.080) | 13 (0.070) | 8/138 | NT | 7.0% | intergenic (‑131/+331) | yrrB/mnmA | TPR repeat‑containing protein YrrB/tRNA‑specific 2‑thiouridylase MnmA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1728932 = | 153 (0.870) | intergenic (‑166/+296) | yrrB/mnmA | TPR repeat‑containing protein YrrB/tRNA‑specific 2‑thiouridylase MnmA | |||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
ATTGTATGTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCA > USA300TCH1516_ALE/1728807‑1728986 | ttGTATGTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTaa > 2:2942824/1‑91 (MQ=255) gttaaaatatcatttctgtcccactccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggaa < 2:3927123‑M1/2‑1 (MQ=255) ttaaaatatcatttctgtcccactccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggaag < 1:1286389‑M1/3‑1 (MQ=255) ttaaaatatcatttctgtcccactccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggaag < 1:2444817‑M1/3‑1 (MQ=255) taaaatatcatttctgtcccactccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggaaga < 1:399554‑M1/4‑1 (MQ=255) aaaatatcatttctgtcccactccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggaagaa > 1:727344‑M1/87‑91 (MQ=255) tGTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAAcc < 2:2900750/91‑1 (MQ=255) tGTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAAcc > 1:591101/1‑91 (MQ=255) gTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCa < 2:1370/91‑1 (MQ=255) gTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCa < 2:890889/91‑1 (MQ=255) gTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCa < 2:1865147/91‑1 (MQ=255) tctcGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCAt < 1:3702345/91‑1 (MQ=255) tatcatttctgtcccactccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCAt > 1:1379707‑M1/83‑91 (MQ=255) ctcGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCAtt > 1:2051598/1‑91 (MQ=255) ctcGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCAtt > 1:2500535/1‑91 (MQ=255) tcGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTa > 1:2404718/1‑91 (MQ=255) tcGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTa < 2:747912/91‑1 (MQ=255) cGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTaa < 2:3371758/91‑1 (MQ=255) aaTCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACg > 1:3914031/1‑91 (MQ=255) aTCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACgg < 1:2348022/91‑1 (MQ=255) aTCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACgg < 2:1015501/91‑1 (MQ=255) tCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGt < 2:3136565/91‑1 (MQ=255) cACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGtt > 2:2196038/1‑91 (MQ=255) cACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAACATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGtt > 2:3440351/1‑91 (MQ=255) aCTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGttt > 1:3099953/1‑91 (MQ=255) aCTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGttt < 2:2045657/91‑1 (MQ=255) cTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTtta > 1:1693474/1‑91 (MQ=255) cTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTtta > 2:2071099/1‑91 (MQ=255) ttAACAACGAATAAAATATAATCTGATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTttat < 2:3666441/91‑1 (MQ=255) ttAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTttat < 2:2694673/91‑1 (MQ=255) tAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTttatt < 2:164734/91‑1 (MQ=255) tccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTa > 2:2436612‑M1/66‑91 (MQ=255) tccctatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTa > 2:2636838‑M1/66‑91 (MQ=255) cGAGTAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTaa < 1:3180941/91‑1 (MQ=255) cGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTaa < 1:1999826/91‑1 (MQ=255) cGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTaa > 2:2816109/1‑91 (MQ=255) cGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTaa < 1:2105814/91‑1 (MQ=255) gAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAAt > 2:1290041/1‑91 (MQ=255) cctatgcatgaatcgaattatgtattcgtatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAAt > 2:1178755‑M1/64‑91 (MQ=255) aaTAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATg < 2:2353329/91‑1 (MQ=255) aaTAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATg < 1:1792565/91‑1 (MQ=255) tatgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATgg > 1:2683674‑M1/62‑91 (MQ=255) aTAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTCACGGTTTATTATGTAATgg > 2:1746977/1‑91 (MQ=255) tAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGt > 1:286559/1‑91 (MQ=255) atgcatgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGt > 1:2506490‑M1/61‑91 (MQ=255) aatatcatctaatatcatctTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttct < 2:3655642/91‑1 (MQ=255) aaTATAATCTAATATCTTCTTCATTCATTAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttct < 2:3060607/91‑1 (MQ=255) aaTATAATCTAATATCCTCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAAAggacct > 2:644106/1‑87 (MQ=255) aaTATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAGAAGCGGGAATGGGATAGAAATGCTTGAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttct < 1:3159756/91‑1 (MQ=255) aaTATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTACGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttct < 2:3881523/91‑1 (MQ=255) atgaatctaattatgtattcttatttttaagtacataatagtggtggctaatgtggAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttctt > 1:3394080‑M1/57‑91 (MQ=255) atatAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttctt > 1:2962812/1‑91 (MQ=255) tataATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGttcttc < 2:1916457/91‑1 (MQ=255) ataATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTcc > 1:706667/1‑91 (MQ=255) taATCTAATTTTATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGGACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCca < 2:823040/91‑1 (MQ=255) aaTCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCcac < 1:3464756/91‑1 (MQ=255) aaTCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCcac < 1:1069437/91‑1 (MQ=255) aTCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCcaca > 2:3495090/1‑91 (MQ=255) aaTATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAg > 2:425793/1‑91 (MQ=255) aaTATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAg < 1:193039/91‑1 (MQ=255) tatCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcc < 1:3599568/91‑1 (MQ=255) tatCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcc > 1:662037/1‑91 (MQ=255) atcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcca < 1:1151651/91‑1 (MQ=255) tcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccac < 1:1655365/91‑1 (MQ=255) tcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccac > 2:2446708/1‑91 (MQ=255) catcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccacc < 1:779308/91‑1 (MQ=255) ttcattcaTGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACta < 2:2584901/91‑1 (MQ=255) cattcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtatt > 2:3263874/1‑91 (MQ=255) attcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtatta > 1:3863944/1‑91 (MQ=255) ttcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtattat < 1:2698006/91‑1 (MQ=255) tcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATg < 1:3471553/91‑1 (MQ=255) catGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGt < 2:881532/91‑1 (MQ=255) catGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGt < 1:2981561/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACt > 2:2836780/1‑91 (MQ=255) gAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACt < 1:2960775/91‑1 (MQ=255) aaaaaTCGTGAATGGAATAGAAATTCTTAAGATCCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTGCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACtt < 1:3566415/91‑1 (MQ=255) aaGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTCTGTACTTaaa > 2:1132935/1‑91 (MQ=255) aGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTaaaa < 1:974413/91‑1 (MQ=255) aGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTaaaa > 1:1153358/1‑91 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAAt < 2:1735780/91‑1 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAAt > 1:2043024/1‑91 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATCAACGGTCTAGTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCTCCCACTATTATCTACTTCAAAAt > 2:3010059/1‑91 (MQ=255) gggAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATa < 2:1329167/91‑1 (MQ=255) gaatggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAg > 2:1079250/1‑91 (MQ=255) gaatggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAg > 2:2046738/1‑91 (MQ=255) aatggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGa < 2:3863402/91‑1 (MQ=255) atggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGaa > 2:86634/1‑91 (MQ=255) atggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGaa < 2:1531372/91‑1 (MQ=255) tggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAAt > 2:529254/1‑91 (MQ=255) gaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATAc > 1:919517/1‑91 (MQ=255) atAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACAt < 1:293544/91‑1 (MQ=255) atAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACAt < 1:2488297/91‑1 (MQ=255) tAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATa < 1:3354374/91‑1 (MQ=255) tAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATa < 1:440867/91‑1 (MQ=255) tAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATa > 1:525835/1‑91 (MQ=255) aTGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAg < 2:3097202/91‑1 (MQ=255) tGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGa < 1:2767583/91‑1 (MQ=255) tGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGa > 2:12579/1‑91 (MQ=255) gCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGAt > 1:3687821/1‑91 (MQ=255) gCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGAt > 1:1592657/1‑91 (MQ=255) | ATTGTATGTCTCGAATCACTTAACAACGAATAAAATATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCA > USA300TCH1516_ALE/1728807‑1728986 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |