| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1728897 = | 221 (1.080) | 13 (0.070) | 8/138 | NT | 7.0% | intergenic (‑131/+331) | yrrB/mnmA | TPR repeat‑containing protein YrrB/tRNA‑specific 2‑thiouridylase MnmA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1728932 = | 153 (0.870) | intergenic (‑166/+296) | yrrB/mnmA | TPR repeat‑containing protein YrrB/tRNA‑specific 2‑thiouridylase MnmA | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
TATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAACAA > USA300TCH1516_ALE/1728842‑1729022 | ataATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTcc > 1:706667/1‑91 (MQ=255) ataATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTcc < 2:1945299/91‑1 (MQ=255) taATCTAATTTTATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGGACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCca < 2:823040/91‑1 (MQ=255) aaTCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCcac < 1:1069437/91‑1 (MQ=255) aaTCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCcac < 1:3464756/91‑1 (MQ=255) tCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACAt < 1:2721841/91‑1 (MQ=255) aaTATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAg > 2:425793/1‑91 (MQ=255) aaTATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAg > 2:2277788/1‑91 (MQ=255) atatCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGc > 1:315394/1‑91 (MQ=255) tatCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcc < 1:3599568/91‑1 (MQ=255) tatCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcc > 1:662037/1‑91 (MQ=255) atcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcca < 1:1151651/91‑1 (MQ=255) atcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGcca > 2:3520015/1‑91 (MQ=255) tcatcTTCATTCATTAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGACCCATTAACGGTTTATTATGGAATGGTTCTTCCACATTAGccac < 2:3045743/91‑1 (MQ=255) tcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccac < 1:2228392/91‑1 (MQ=255) tcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccac > 2:2445876/1‑91 (MQ=255) tcatcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccac < 2:759749/91‑1 (MQ=255) catcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccacc < 1:779308/91‑1 (MQ=255) atcTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGccacca < 1:1243376/91‑1 (MQ=255) ttcattcaTGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACta < 2:2584901/91‑1 (MQ=255) tcattcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtat < 1:98804/91‑1 (MQ=255) tcattcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtat > 2:2045825/1‑91 (MQ=255) tcattcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtat < 1:3581038/91‑1 (MQ=255) cattcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtatt > 2:1127176/1‑91 (MQ=255) attcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACtatta < 1:1777118/91‑1 (MQ=255) tcatGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATg < 1:3471553/91‑1 (MQ=255) catGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGt < 2:881532/91‑1 (MQ=255) catGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGt < 1:2981561/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACt < 1:2960775/91‑1 (MQ=255) gAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACt > 2:2836780/1‑91 (MQ=255) aaaGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTaa > 1:1864604/1‑91 (MQ=255) aGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTaaaa > 1:1153340/1‑91 (MQ=255) aGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTaaaa > 2:1910068/1‑91 (MQ=255) aGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTaaaa > 2:1144102/1‑91 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAAt > 1:2043024/1‑91 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAAt > 2:2925504/1‑91 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAAt < 2:1735780/91‑1 (MQ=255) cGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAAt < 2:2188341/91‑1 (MQ=255) taatagtggtggctaatgtggaagaaccattacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATa > 2:2367337‑M2/57‑91 (MQ=255) gaatggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAg > 2:1079250/1‑91 (MQ=255) aatggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGa < 2:871674/91‑1 (MQ=255) atggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGaa < 2:1531372/91‑1 (MQ=255) tggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAAt < 1:2501944/91‑1 (MQ=255) ggaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATa < 2:3807312/91‑1 (MQ=255) gaatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATAc > 1:919517/1‑91 (MQ=255) aatAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACa > 2:3895817/1‑91 (MQ=255) atAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACAt < 1:3701034/91‑1 (MQ=255) atAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACAt < 1:293544/91‑1 (MQ=255) atAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACAt < 1:2488297/91‑1 (MQ=255) tAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATa < 1:3354374/91‑1 (MQ=255) aGAAATGCTTCAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTCAAAATAAGAATACATaa > 2:3446688/1‑91 (MQ=255) aaaTGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAAtt < 2:1361094/91‑1 (MQ=255) aTGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAg < 2:3097202/91‑1 (MQ=255) tGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGa < 1:2767583/91‑1 (MQ=255) tGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGa > 2:12579/1‑91 (MQ=255) tGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGa < 2:2627507/91‑1 (MQ=255) tGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGa < 1:637407/91‑1 (MQ=255) gCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGAt > 1:1592657/1‑91 (MQ=255) cTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGAtt < 2:2975200/91‑1 (MQ=255) cTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGAtt > 1:728499/1‑91 (MQ=255) ttAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTc < 1:945431/91‑1 (MQ=255) ttAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTc > 2:3866766/1‑91 (MQ=255) aagaaccattacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCAt > 1:3394080‑M2/36‑91 (MQ=255) AGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAGATAAGAATACATAATTAGATTCATg < 1:3687248‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATg > 2:231779‑M1/1‑91 (MQ=255) GAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGc < 1:457433‑M1/91‑1 (MQ=255) AACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCa > 2:2719760‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCATTAACGGTTTAGTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCa > 2:2516661‑M1/1‑91 (MQ=255) accattacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCAt > 1:2506490‑M2/32‑91 (MQ=255) ccattacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATa > 1:2683674‑M2/31‑91 (MQ=255) CCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATa > 2:1505116‑M1/1‑91 (MQ=255) cattacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAg > 1:3879812‑M2/30‑91 (MQ=255) CATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAg > 1:2295557‑M1/1‑91 (MQ=255) CATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAg < 2:1666476‑M1/91‑1 (MQ=255) attacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATACGAATACATAATTCGATTCATGCATAgg > 2:1178755‑M2/29‑91 (MQ=255) ATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAgg > 2:3547500‑M1/1‑91 (MQ=255) ttacataataaaccgttaatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAggg > 2:616766‑M2/28‑91 (MQ=255) TAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGa > 2:2800013‑M1/1‑91 (MQ=255) aCGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGt < 2:3280333/91‑1 (MQ=255) cGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTg > 1:2115727/1‑91 (MQ=255) ggTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTgg < 1:194549/91‑1 (MQ=255) tttATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGa < 1:536870/91‑1 (MQ=255) ttattaTGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGAc < 2:591101/91‑1 (MQ=255) attatGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAg < 1:1331050/91‑1 (MQ=255) tatGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGaa > 2:3226549/1‑91 (MQ=255) atGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCGCCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGaaa < 1:3695785/91‑1 (MQ=255) tGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAAt < 2:3558536/91‑1 (MQ=255) gTAATGGTTTTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATg < 1:3789431/91‑1 (MQ=255) gTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATg > 1:2541484/1‑91 (MQ=255) gTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATg < 1:284101/91‑1 (MQ=255) gTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATg > 2:1284343/1‑91 (MQ=255) taatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGa > 1:2963413‑M2/12‑91 (MQ=255) aatggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGat < 2:858631‑M2/81‑1 (MQ=255) ggttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATAtt < 1:1643687‑M2/84‑1 (MQ=255) ttcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATAtttt < 1:1664768‑M2/86‑1 (MQ=255) tcttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTa < 1:399554‑M2/87‑1 (MQ=255) cttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTaa < 1:2444817‑M2/88‑1 (MQ=255) cttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTaa < 1:1286530‑M2/88‑1 (MQ=255) ttCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAAc < 2:3927123‑M2/89‑1 (MQ=255) ccACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAACaa > 2:131371/1‑91 (MQ=255) | TATAATCTAATATCATCTTCATTCATGAAAAAGCGGGAATGGAATAGAAATGCTTAAGAACCATTAACGGTTTATTATGTAATGGTTCTTCCACATTAGCCACCACTATTATGTACTTAAAAATAAGAATACATAATTAGATTCATGCATAGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTAACAA > USA300TCH1516_ALE/1728842‑1729022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |