| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747135 | 174 (0.850) | 24 (0.140) | 12/132 | NT | 13.7% | intergenic (‑169/+34) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747146 | 159 (0.950) | intergenic (‑180/+23) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 | |||||
TAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1747033‑1747135‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcggtatgtgaaACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTATTTAAATTTAACAAAATATA‑TATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGG < USA300TCH1516_ALE/1747146‑1747057 TAAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAA < 1:1288296/91‑1 AAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAG < 2:458952/91‑1 AAATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAG < 2:3596817/91‑1 AATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGC > 2:596940/1‑91 ATAATCAAGACTTTAATTATACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATATTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCG < 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USA300TCH1516_ALE/1747033‑1747135‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aagcggtatgtgaaACAATAAAGAGTTCACATACCGCTTTTTACTTTATTTAAATTTAACAAAATATA‑TATAAATAAGTTCCCGCATTCATTTTTAAAAAATGG < USA300TCH1516_ALE/1747146‑1747057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |