| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747135 | 174 (0.850) | 24 (0.140) | 12/132 | NT | 13.7% | intergenic (‑169/+34) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1747146 | 159 (0.950) | intergenic (‑180/+23) | recJ/USA300HOU_RS08710 | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ/Heme uptake protein MmpL11 | |||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
ACCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGATTTCTTTTCTTTATATACAACTAATTTGTGTTTCGGCGAT > USA300TCH1516_ALE/1747056‑1747235 | aCCATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGt < 2:2148190/91‑1 (MQ=255) ccATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTt < 2:634773‑M2/91‑2 (MQ=255) cATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTtt < 2:138846‑M2/91‑3 (MQ=255) cATTTTTTAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTtt > 1:183574‑M2/1‑89 (MQ=255) tttttAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTttcac < 2:3357341‑M2/91‑6 (MQ=255) tttAAAAATGAATGCGGGAACTTATTTATATATA‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTttcacat > 2:1909627‑M2/1‑84 (MQ=255) 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tatatata‑TTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGCATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTaaaa > 1:3780888/1‑91 (MQ=255) ttatata‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAAt < 2:3459201/90‑1 (MQ=255) atatata‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAAt > 2:667284/1‑91 (MQ=255) atatata‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAAt < 2:1563327/91‑1 (MQ=255) tata‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtt < 1:2296572/91‑1 (MQ=255) ata‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTAATGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCttt < 2:2773257/91‑1 (MQ=255) ta‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtttt > 2:3476145/1‑91 (MQ=255) ta‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCtttt > 2:3703236/1‑91 (MQ=255) a‑tTTTGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTc < 1:3480183/91‑1 (MQ=255) ttttGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCa > 1:59586/1‑91 (MQ=255) tttGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCAt > 1:2672832/1‑91 (MQ=255) ttGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATc > 2:3792788/1‑91 (MQ=255) ttGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATc < 1:3386273/91‑1 (MQ=255) tGTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCg < 1:1541540/91‑1 (MQ=255) gTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGt < 1:1015545/91‑1 (MQ=255) gTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGt < 2:3715486/91‑1 (MQ=255) gTTAAATTTAAATAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTATCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGt > 1:3143386/1‑91 (MQ=255) ttaaatttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGtt < 1:1655127/91‑1 (MQ=255) taaatttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTc > 2:3809199/1‑91 (MQ=255) aatttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGa > 1:1855657/1‑91 (MQ=255) atttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAt > 2:1900626/1‑91 (MQ=255) atttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAt < 2:577587/91‑1 (MQ=255) atttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAt < 2:609836/91‑1 (MQ=255) atttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAt < 1:2937079/91‑1 (MQ=255) tttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtt < 2:413243/91‑1 (MQ=255) tttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtt < 2:1452568/91‑1 (MQ=255) tttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtt < 1:986993/91‑1 (MQ=255) ttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAttt < 1:2994498/91‑1 (MQ=255) ttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAttt < 2:536215/91‑1 (MQ=255) ttaaatAAAGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAttt < 1:1232179/91‑1 (MQ=255) taaataaaGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTTTCACATACCGCTTAATTCATTTTAAACTAAAATCTTTTCATCGTTCGAtttc < 1:3861357/91‑1 (MQ=255) aaataaaGTAAAAAGCGGTATGTGAACTCTTTATTGTttcacataccgctttttactttatttaaatttaacaaaatatatataaataagt < 1:1303092‑M2/91‑55 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |